其后惟主事会御史，将笞杖罪于打断厅决讫，附卷，奉旨者次日覆命。万历中，刑部尚书孙丕扬言：“折狱之不速，由文移牵制故耳。议断既成，部、寺各立长单，刑部送审挂号，次日即送大理。大理审允，次日即还本部。参差者究处，庶事体可一。至于打断相验，令御史三、六、九日遵例会同，余日止会寺官以速遣。徒流以上，部、寺详鞫，笞杖小罪，听堂部处分。”命如议行。
凡狱囚已审录，应决断者限三日，应起发者限十日，逾银计日以笞。囚淹滞至死者罪徒，此旧例也。嘉靖六年，给事中周瑯言：“比者狱吏苛刻，犯无轻重，概加幽系，案无新故，动引岁时。意喻色授之间，论奏未成，囚骨已糜。又况偏州下邑，督察不及，奸吏悍卒倚狱为市，或扼其饮食以困之，或徙之秽溷以苦之，备诸痛楚，十不一生。臣观律令所载，凡逮系囚犯，老疾必散收，轻重以类分，枷杻荐席必以时饬，凉浆暖匣必以时备，无家者给之衣服，有疾者予之医药，淹禁有科，疏决有诏。此祖宗良法美意，宜敕臣下同为奉行。凡逮系日月并已竟、未竟、疾病、死亡者，各载文册，申报长吏，较其结竟之迟速，病故之多寡，以为功罪而黜陟之。”帝深然其言，且命中外有用法深刻，致戕民命者，即斥为民，虽才守可观，不得推荐。
凡内外问刑官，惟死罪并窃盗重犯，始用拷讯，余止鞭扑常刑。酷吏辄用挺棍、夹棍、脑箍、烙铁及一封书、鼠弹筝、拦马棍、燕儿飞，或灌鼻、钉指，用径寸懒杆、不去棱节竹片，或鞭脊背、两踝致伤以上者，俱奏请，罪至充军。
停刑之月，自立春以后，至春分以前。停刑之日，初一、初八、十四、十五、十八、二十三、二十四、二十八、二十九、三十，凡十日。检验尸伤，照磨司取部印尸图一幅，委五城兵马司如法检验，府则通判、推官，州县则长官亲检，毋得委下僚。
狱囚贫不自给者，洪武十五年定制，人给米日一升。二十四年革去。正统二年，以侍郎何文渊言，诏如旧，且令有赃罚敝衣得分给。成化十二年，令有司买药饵送部，又广设惠民药局，疗治囚人。至正德十四年，囚犯煤、油、药料，皆设额银定数。嘉靖六年，以运炭等有力罪囚，折色籴米，上本部仓，每年约五百石，乃停收。岁冬给绵衣裤各一事，提牢主事验给之。
犯罪籍没者，洪武元年定制，自反叛外，其余罪犯止没田产孳畜。二十一年，诏谋逆奸党及造伪钞者，没赀产丁口，以农器耕牛给还之。凡应合钞劄者，曰奸党，曰谋反大逆，曰奸党恶，曰造伪钞，曰杀一家三人，曰采生拆割人为首。其《大诰》所定十条，后未尝用也。复仇，惟祖父被殴条见之，曰：“祖父母、父母为人所杀，而子孙擅杀行凶人者，杖六十。其即时杀死者勿论。其余亲属人等被人杀而擅杀之者，杖一百。”按律罪人应死，已就拘执，其捕者擅杀之，罪亦止此。则所谓家属人等，自包兄弟在内，其例可类推也。
凡决囚，每岁朝审毕，法司以死罪请旨，刑科三覆奏，得旨行刑。在外者奏决单于冬至前，会审决之。正统元年，令重囚三覆奏毕，仍请驾帖，付锦衣卫监刑官，领校尉诣法司，取囚赴市。又制，临决囚有诉冤者，直登闻鼓给事中取状封进，仍批校尉手，驰赴市曹，暂停刑。嘉靖元年，给事中刘济等以囚廖鹏父子及王钦、陶杰等颇有内援，惧上意不决，乃言：“往岁三覆奏毕，待驾帖则已日午，鼓下仍受诉词，得报且及未申时，及再请始刑，时已过酉，大非刑人于市与众弃之之意。请自今决囚，在未前毕事。”从之。七年定议，重囚有冤，家属于临决前一日挝鼓，翼日午前下，过午行刑，不覆奏。南京决囚，无刑科覆奏例。
弘治十八年，南刑部奏决不待时者三人，大理寺已审允，下法司议，谓：“在京重囚，间有决不待时者，审允奏请，至刑科三覆奏，或蒙恩仍监候会审。南京无覆奏例，乞俟秋后审竟，类奏定夺。如有巨憝难依常例者，更具奏处决，著为令。”
