三法司曰刑部、都察院、大理寺。刑部受天下刑名，都察院纠察，大理寺驳正。太祖尝曰：“凡有大狱，当面讯，防构陷锻炼之弊。”故其时重案多亲鞫，不委法司。洪武十四年，命刑部听两造之词，议定入奏。既奏，录所下旨，送四辅官、谏院官、给事中覆核无异，然后覆奏行之。有疑狱，则四辅官封驳之。逾年，四辅官罢，乃命议狱者一归于三法司。十六年，命刑部尚书开济等，议定五六日旬时三审五覆之法。十七年，建三法司于太平门外钟山之阴，命之曰贯城。
下敕言：“贯索七星如贯珠，环而成象名天牢。中虚则刑平，官无邪私，故狱无囚人；贯内空中有星或数枚者即刑繁，刑官非其人；有星而明，为贵人无罪而狱。
今法天道置法司，尔诸司其各慎乃事，法天道行之，令贯索中虚，庶不负朕肇建之意。”又谕法司官：“布政、按察司所拟刑名，其间人命重狱，具奏转达刑部、都察院参考，大理寺详拟。著为令。”
刑部有十三清吏司，治各布政司刑名，而陵卫、王府、公侯伯府、在京诸曹及两京州郡，亦分隶之。按察名提刑，盖在外之法司也，参以副使、佥事，分治各府县事。京师自笞以上罪，悉由部议。洪武初决狱，笞五十者县决之，杖八十者州决之，一百者府决之，徒以上具狱送行省，移驳繁而贿赂行。乃命中书省御史台详谳，改月报为季报，以季报之数，类为岁报。凡府州县轻重狱囚，依律决断。违枉者，御史、按察司纠劾。至二十六年定制，布政司及直隶府州县，笞杖就决；徒流、迁徙、充军、杂犯死罪解部，审录行下，具死囚所坐罪名上部详议如律者，大理寺拟覆平允，监收侯决。其决不待时重囚，报可，即奏遣官往决之。
情词不明或失出入者，大理寺驳回改正，再问驳至三，改拟不当，将当该官吏奏问，谓之照驳。若亭疑谳决，而囚有番异，则改调隔别衙门问拟。二次番异不服，则具奏，会九卿鞫之，谓之圆审。至三四讯不服，而后请旨决焉。
正统四年，稍更直省决遣之制，徒流就彼决遣，死罪以闻。成化五年，南大理评事张钰言：“南京法司多用严刑，迫囚诬服，其被纠者亦止改正而无罪，甚非律意。”乃诏申大理寺参问刑部之制。弘治十七年，刑部主事朱瑬言：
“部囚送大理，第当驳正，不当用刑。”大理卿杨守随言：“刑具永乐间设，不可废。”帝是其言。
会官审录之例，定于洪武三十年。初制，有大狱必面讯。十四年，命法司论囚，拟律以奏，从翰林院、给事中及春坊正字、司直郎会议平允，然后覆奏论决。
至是置政平、讼理二幡，审谕罪囚。谕刑部曰：“自今论囚，惟武臣、死罪，朕亲审之，余俱以所犯奏。然后引至承天门外，命行人持讼理幡，传旨谕之；其无罪应释者，持政平幡，宣德意遣之。”继令五军都督府、六部、都察院、六科、通政司、詹事府，间及驸马杂听之，录冤者以状闻，无冤者实犯死罪以下悉论如律，诸杂犯准赎。永乐七年，令大理寺官引法司囚犯赴承天门外，行人持节传旨，会同府、部、通政司、六科等官审录，如洪武制。十七年，令在外死罪重囚，悉赴京师审录。仁宗特命内阁学士会审重囚，可疑者再问。宣德三年奏重囚，帝令多官覆阅之，曰：“古者断狱，必讯于三公九卿，所以合至公，重民命。卿等往同覆审，毋致枉死。”英国公张辅等还奏，诉枉者五十六人，重命法司勘实，因切戒焉。
