十一年春正月丁丑，洪承畴败贼于梓潼，贼还走陕西。丁亥，裁南京冗官。
二月甲辰，改河南巡按御史张任学为总兵官。三月戊寅，贺逢圣致仕。是月，李自成自洮州出番地，总兵官曹变蛟追破之，复入塞，走西和、礼县。夏四月辛丑，张献忠伪降于谷城，熊文灿受之。戊申，张至发致仕。己酉，荧惑逆行，谕廷臣修省。五月癸亥朔，策试考选官于中左门。六月癸巳，安民厂灾，坏城垣，伤万余人。壬寅，孔贞运致仕。乙卯，兵部尚书杨嗣昌、户部尚书程国祥、礼部侍郎方逢年、工部侍郎蔡国用俱礼部尚书，大理少卿范复粹为礼部侍郎，并兼东阁大学士，预机务。嗣昌仍掌兵部。是月，两畿、山东、河南大旱蝗。秋七月乙丑，少詹事黄道周以论杨嗣昌夺情，谪按察司照磨。八月戊戌，以灾异屡见，斋居永寿宫，谕廷臣修省。癸丑，傅冠致仕。戊午，停刑。流贼罗汝才等自陕州犯襄阳。
九月，陕西、山西旱饥。辛巳，大清兵入墙子岭，总督蓟辽兵部侍郎吴阿衡死之。
癸未，京师戒严。冬十月癸巳，卢象升入援，召对于武英殿。甲午，括马。卢象升、高起潜分督援军。是月，洪承畴、曹变蛟大破贼于潼关南原，李自成以数骑遁。十一月戊辰，大清兵克高阳，致仕大学士孙承宗死之。戊子，罢卢象升，戴罪立功。刘宇亮自请视师，许之。是月，罗汝才降。十二月庚子，方逢年罢。卢象升兵败于巨鹿，死之。戊申，孙传庭为兵部侍郎督援军。征洪承畴入卫。是年，土鲁番、琉球入贡。
十二年春正月己未朔，以时事多艰，却廷臣贺。庚申，大清兵入济南，德王由枢被执，布政使张秉文等死之。戊辰，刘宇亮、孙传庭会师十八万于晋州，不敢进。丁丑，改洪承畴总督蓟、辽，孙传庭总督保定、山东、河北。二月乙未，刘宇亮罢。大清兵北归。三月丙寅，出青山口。凡深入二千里，阅五月，下畿内、山东七十余城。丙子，加上孝纯皇太后谥，诏天下。夏四月戊申，程国祥致仕。
是月，左良玉击降贼首李万庆。五月甲子，礼部侍郎姚明恭、张四知，兵部侍郎魏照乘，俱礼部尚书兼东阁大学士，预机务。乙丑，张献忠叛于谷城，罗汝才等起应之，陷房县。乙亥，削孙传庭籍，寻逮下狱。六月，畿内、山东、河南、山西旱蝗。己酉，抽练各镇精兵，复加征练饷。秋七月壬申，左良玉讨张献忠，败绩于罗猴山，总兵官罗岱被执死之。熊文灿削籍，寻逮下狱。八月癸巳，诏诛封疆失事巡抚都御史颜继祖，总兵官倪宠、祖宽，内臣邓希诏、孙茂霖等三十三人，俱弃市。己亥，免唐县等四十州县去年田租之半。壬子，大学士杨嗣昌督师讨贼，总督以下并听节制。冬十月甲申朔，杨嗣昌誓师襄阳。甲午，左良玉为平贼将军。
丙申，《钦定保民四事全书》成，颁布天下。十一月辛巳，祀天于南郊。十二月，罗汝才犯四川。丙午，下兵部尚书傅宗龙于狱。是年，琉球入贡。
十三年春闰正月乙酉，振真定饥。戊子，振京师饥民。癸卯，振山东饥。二月壬子朔，祀日于东郊。戊午，总督陕西三边侍郎郑崇俭大破张献忠于太平县之玛瑙山，献忠走归州。戊寅，以久旱求直言。三月甲申，祷雨。丙戌，大风霾，诏清刑狱。戊子，罢各镇内臣。丙申，赐魏藻德等进士及第、出身有差。戊戌，振畿内饥。丁未，免河北三府逋赋。夏四月戊午，逮江西巡抚佥都御史解学龙及所举黄道周。己卯，吏部尚书谢升为礼部尚书，礼部侍郎陈演以原官并兼东阁大学士，预机务。五月，罗汝才犯夔州，石砫女官秦良玉连战却之。甲申，祀地于北郊。庚戌，姚明恭致仕。六月辛亥朔，总兵官贺人龙等分道逐贼，败之，罗汝才走大宁。庚午，蔡国用卒。辛未，薛国观罢。秋七月庚辰朔，畿内捕蝗。己丑，发帑振被蝗州县。辛卯，左良玉及京营总兵官孙应元等大破罗汝才于兴山。
