监官导诣御辇前奏，跪请神主奉安太庙，俯伏，兴。内使捧神主册宝，皇帝从，由中门入，至寝庙东第三室，南向奉安。皇帝叩头，毕，祭祀如时祭仪。文武官具祭服行礼。其正殿神座，居仁祖之次，西向。二年五月，仁宗神主祔庙，如前仪。寝殿，西第三室，南向。正殿，居高祖之次，东向。其后大行祔庙仿此。正统七年十二月，奉昭皇后神主祔庙，神主诣列祖神位前谒庙。礼毕，太常寺官唱赐座，内侍捧衣冠，与仁宗同神位。唱请宣宗皇帝朝见，内侍捧宣宗衣冠置褥位上，行四拜礼讫，安奉于座上。
孝宗即位，宪宗将升祔。时九庙已备，议者咸谓德、懿、熙、仁四庙，宜以次奉祧。礼臣谓：“国家自德祖以上，莫推世次，则德祖视周后稷，不可祧。宪宗升祔，当祧懿祖。宜于太庙寝殿后，别建祧殿，如古夹室之制。岁暮则奉祧主合享，如古祫祭之礼。”吏部侍郎杨守陈言：“《礼》，天子七庙，祖功而宗德。
德祖可比商报乙、周亚圉，非契、稷比。议者习见宋儒尝取王安石说，遂使七庙既有始祖，又有太祖。太祖既配天，又不得正位南向，非礼之正。今请并祧德、懿、熙三祖，自仁祖下为七庙，异时祧尽，则太祖拟契、稷，而祧主藏于后寝，祫礼行于前殿。时享尊太祖，祫祭尊德祖，则功德并崇，恩义亦备。”帝从礼官议，建祧庙于寝殿后，遣官祭告宗庙。帝具素服告宪宗几筵，祭毕，奉迁懿祖神主衣冠于后殿，床幔、御座、仪物则贮于神库。其后奉祧仿此。
嘉靖九年春，世宗行特享礼。令于殿内设帷幄如九庙，列圣皆南向，各奠献，读祝三，余如旧。十年正月，帝以庙祀更定，告于太庙、世庙并祧庙三主。迁德祖神主于祧庙，奉安太祖神主于寝殿正中，遂以序进迁七宗神位。丁酉，帝诣太庙行特享礼。九月，谕大学士李时等，以“宗庙之制，父子兄弟同处一堂，于礼非宜。太宗以下宜皆立专庙，南向。”尚书夏言奏：“太庙两傍，隙地无几，宗庙重事，始谋宜慎。”未报。中允廖道南言：“太宗以下宜各建特庙于两庑之地。
有都宫以统庙，不必各为门垣。有夹室以藏主，不必更为寝庙。第使列圣各得全其尊，皇上躬行礼于太祖之庙，余遣亲臣代献，如古诸侯助祭之礼。”帝悦，命会议。言等言：“太庙地势有限，恐不能容，若小其规模，又不合古礼。且使各庙既成，陛下遍历群庙，非独筋力不逮，而日力亦有不给，古者宗伯代后献之文，谓在一庙中，而代后之亚献。未闻以人臣而代主一庙之祭者也。且古诸侯多同姓之臣，今陪祀执事者，可拟古诸侯之助祭者乎？先臣丘浚谓宜间日祭一庙，历十四日而遍。此盖无所处，而强为之说耳。若以九庙一堂，嫌于混同。请以木为黄屋，如庙廷之制，依庙数设之，又设帷幄于其中，庶得以展专奠之敬矣。”议上，不报。
十三年，南京太庙灾。礼部尚书湛若水请权将南京太庙香火并于南京奉先殿，重建太庙，补造列圣神主。帝召尚书言与群臣集议。言会大学士张孚敬等言：“国有二庙，自汉惠始。神有二主，自齐桓始。周之三都庙，乃迁国立庙，去国载主，非二庙二主也。子孙之身乃祖宗所依，圣子神孙既亲奉祀事于此，则祖宗神灵自当陟降于此。今日正当专定庙议，一以此地为根本。南京原有奉先殿，其朝夕香火，当合并供奉如常。太庙遗址当仿古坛墠遗意，高筑墙垣，谨司启闭，以致尊严之意。”从之。
