二月丙午，杨廷和致仕。庚戌，南京地震。三月壬申，振淮、扬饥。辛巳，振河南饥。夏四月己酉，上昭圣皇太后尊号曰昭圣康惠慈寿皇太后。庚戌，上兴国太后尊号曰本生圣母章圣皇太后。癸丑，追尊兴献帝为本生皇考恭穆献皇帝，大赦。
辛酉，编修邹守益请罢兴献帝称考立庙，下锦衣卫狱。五月乙丑，蒋冕致仕。修撰吕柟言大礼未正，下锦衣卫狱。丁丑，遣使迎献皇帝神主于安陆。己卯，吏部尚书石珤兼文渊阁大学士，预机务。六月，御史段续、陈相请正席书、桂萼罪，吏部员外郎薛蕙上《为人后解》，鸿胪少卿胡侍言张璁等议礼之失，俱下狱。
秋七月乙亥，更定章圣皇太后尊号，去本生之称。戊寅，廷臣伏阙固争，下员外郎马理等一百三十四人锦衣卫狱。癸未，杖马理等于廷，死者十有六人。甲申，奉安献皇帝神主于观德殿。己丑，毛纪致仕。辛卯，杖修撰杨慎，检讨王元正，给事中刘济、安磐、张汉卿、张原，御史王时柯于廷。原死，慎等戍谪有差。是月，免南畿、河南被灾税粮。八月癸巳，大同兵变，杀巡抚都御史张文锦。乙卯，吏部侍郎贾咏为礼部尚书兼文渊阁大学士，预机务。九月丙寅，定称孝宗为皇伯考，昭圣皇太后为皇伯母，献皇帝为皇考，章圣皇太后为圣母。丙子，诏天下。
丙戌，土鲁番入寇，围肃州。兵部尚书金献民总制军务，署都督佥事杭雄充总兵官，太监张忠提督军务，御之。冬十一月己卯，户部侍郎胡瓒提督宣、大军务，都督鲁纲充总兵官，讨大同叛卒。十二月壬子，甘、凉寇退，召金献民还。戊午，起致仕大学士杨一清为兵部尚书，总制陕西三边军务。是年，琉球入贡，鲁迷国贡狮子、犀牛。
四年春正月丙寅，西海卜儿孩犯甘肃，总兵官姜奭击败之。辛未，大祀天地于南郊。二月乙卯，禁淹狱囚。三月壬午，仁寿宫灾。夏五月甲戌，赐庐州知府龙诰官秩，诏天下仿诰备荒振济法。庚辰，作世庙祀献皇帝。八月戊子，作仁寿宫。冬十月丁亥，作玉德殿，景福、安喜二宫。十二月辛丑，《大礼集议》成，颁示天下。闰月乙卯朔，日有食之。乙亥，振辽东灾。是年，天方入贡。
五年春正月乙未，大祀天地于南郊。二月甲寅，命道士邵元节为真人。庚辰，免山西被灾税粮。壬午，振京师饥。三月辛丑，赐龚用卿等进士及第、出身有差。
丁未，定有司久任法。夏五月庚子，杨一清复入阁。秋七月庚寅，免四川被灾税粮。八月丙寅，振湖广饥。九月己亥，章圣皇太后有事于世庙。冬十月辛亥朔，亲享如太庙礼。壬子，振南畿、浙江灾，免税粮物料。庚午，颁御制《敬一箴》于学宫。是年，暹罗入贡。
六年春正月癸未，命群臣陈民间利病。己丑，大祀天地于南郊。二月辛亥，小王子犯宣府，参将王经战死。癸亥，费宏、石珤致仕。庚午，召谢迁复入阁。
三月庚辰，寇复犯宣府，参将关山战死。甲午，礼部侍郎翟銮为吏部侍郎兼翰林学士，入阁预机务。夏四月己巳，免广西被灾税粮。五月丁丑朔，日有食之。丁亥，前南京兵部尚书王守仁兼左都御史，总制两广、江西、湖广军务，讨田州叛蛮。秋八月庚戌，以议李福达狱，下刑部尚书颜颐寿、左都御史聂贤、大理寺卿汤沐等于锦衣卫狱，侍郎桂萼、张璁，少詹事方献夫署三法司，杂治之。总制尚书王宪击败小王子于石臼墩。癸亥，贾咏致仕。庚午，振湖广水灾。九月己卯，免江西、河南、山西被灾秋粮。壬午，颁《钦明大狱录》于天下。冬十月戊申，兵部侍郎张璁为礼部尚书兼文渊阁大学士，预机务。是年，鲁迷入贡。
