于是，康有为就开始投靠他了。恰巧，康有为和张之洞的首席幕僚梁鼎芬是好友，有梁鼎芬牵线，康有为的投靠显得名正言顺。
投靠
光绪二十一年（1895年）九月，康有为到达南京，谒见张之洞。对于这位他充满好感的年轻维新者，张之洞热情款待，礼遇有加，两人一见如故。
康有为在南京待了20多天，每隔一天，张之洞都设宴招待他，每次他们都要聊到深夜。这段时间，张之洞的心情特别不好，因为他刚刚死了二子张仁颋。
张仁颋是张之洞第二任妻子唐氏所生，现年24岁，一年前同吴大澂的女儿结成了夫妻。新婚不久，父亲就调任两江，随后他也来到了这里。在康有为到南京前的一个晚上，他在总督府遛弯儿时不慎跌入水池中溺亡。
张之洞中年三度遭遇丧妻之痛，晚年又遭遇丧子之痛，他真的有一种要崩溃的感觉。尽管他后来娶的侧室李氏、秦氏等人又给他生了张仁侃、张仁实、张仁乐、张仁蠡等11个儿子，但张仁颋和后来的这些孩子不一样，因为他是一个从小就没了娘的孩子。
无论怎样，张之洞还要强忍悲痛，强作笑颜接见康有为。康有为这次来南京的目的，就是敦请张之洞出面，以他的名义在上海设立强学会。张之洞欣然应允，他立即捐银1500两作为办会经费，并同意以自己的名义刊发康有为撰写的《上海强学会序》。
分歧
这20多天来，康有为和张之洞的关系相当融洽。但在“变法”理论方面，两人也产生了严重的分歧，最后直至反目。
张之洞接受的是儒家教育，信奉的是孔孟之道，厌恶的是公羊学说，而康有为却信奉公羊学说，大谈孔子改制。他的孔子改制，就像他写的《孔子改制考》那样，把偏于保守的孔子打扮成一个满怀进取精神、力主政治体制改制、倡导民主思想和平等观念的人。他的变法思想，与张之洞传统的儒家思想背道而驰。
况且，他的这种改制思想和学说是伪造的，张之洞极其反感。为了更好地合作办会，张之洞再三劝他放弃从公羊派学来的孔子改制说，正儿八经地推行维新事业，可康有为却说：“孔子改制，大道也，岂能因为你两江总督的供养而改变？”
话都说到这个份儿上了，俩人也就不欢而散了。但张之洞对康有为还是很宽容的，毕竟，他们有着共同的志向：变革图强。
十月中旬，康有为离开南京，到上海创办强学会。张之洞对他有些不放心，于是派幕僚梁鼎芬、黄绍箕等人陪同而去。张之洞此举就是在监视康有为，监控他宣传孔子改制学说。
但对于创办强学会，张之洞还是公开支持的。在他的影响下，他的幕僚、维新派知名人士黄遵宪、汪康年、张謇、章太炎等人纷纷入会。就连著名思想家、教育家严复，也托人引荐加入张之洞幕府。可见，张之洞当时的影响力和号召力有多么强大。
上海强学会创办的同时，《强学报》也出版发行。
光绪二十一年（1895年）冬月二十八日，《强学报》第一期创刊号面世，主要刊载了上海强学会章程、上海强学会序、京师学堂会序等。为了宣传孔子改制说，康有为在报头日期设置上，没有采用中国传统的农历纪年法，而是采用孔子纪年法。
这显然违背了张之洞的意愿，张之洞劝过康有为，可第二期《强学报》很快又这样出版了。张之洞虽然很不快，但没有和康有为闹僵，在表面上，他和维新派还是同路人。
上海强学会刚刚成立不久，北京强学会就因为屡屡批判李鸿章等后党卖国投降行为，而被后党分子杨崇伊以“结党营私”为由参劾。慈禧怒不可遏，立即查封了该强学会，并关闭了《中外纪闻》。
慈禧查封强学会，关闭《中外纪闻》轻而易举，因为强学会和报社及其记者都在她的眼皮子底下，她根本用不着大老远地进京抓记者。
北京强学会及其所属报纸都被查封了，上海强学会和《强学报》还能办下去吗？肯定不能了！张之洞担心惹怒慈禧而引火烧身，于是立即停办了上海强学会和《强学报》。
