因为这道奏折，李鸿章得罪了翁家，也与翁同龢结下了怨仇。以后，只要抓到了李鸿章的把柄，或者看他不顺眼，翁同龢都要借机参他一本，两个人的成见和矛盾越来越深。
翁同龢对待李鸿章，比对待张之洞还要狠！他反感打压张之洞，但他和张之洞之间没有深仇大恨。他扣钱打压李鸿章，却是要把李鸿章往死里整。
《蜷庐随笔》中记载了翁同龢说过的这样一句话：“正好借此机会让他（李鸿章）到战场上试试，看他到底怎么样，将来就会有整顿他的余地了。”由此可见，翁同龢早就算计好了李鸿章，他是想让李鸿章垮台。在他看来，克扣海军经费，就搞垮了北洋水师，搞垮了北洋水师，就搞垮了李鸿章。
他这个老糊涂在干这件事的时候，有没有想到搞垮了北洋水师和李鸿章，是不是就等于搞垮了大清国呢？ 颇具讽刺意义的是，他还是主战派的代表人物。
在电视剧《走向共和》中，光绪皇帝也告诫翁同龢：“朕知道当年因李鸿章弹劾令兄翁同书一事，你们结下宿怨。但你们都是朝廷的股肱之臣，总要和衷共济才好，千万不可因私而废公。”这句话虽然出自文艺作品，却源自真实的历史事件。
然而，翁同龢没有遵听光绪皇帝的告诫。他竟然把自己和李鸿章的私仇凌驾在国家利益之上。作为军机大臣，他没以大局为重，却处处为难李鸿章，甚至借日本人之手来报复一己之恨，结果导致北洋水师全军覆灭，中国大败，实在是罪不容诛！
慈禧和翁同龢这对黄金搭档，一个挪用海军经费，一个克扣海军经费，他们一上一下配合得天衣无缝，北洋水师安能不灭？
北洋水师覆灭还有一个原因：山东巡抚李秉衡和朝廷调遣援军不力，援军行动迟缓，水陆两军配合失调，从而导致北洋水师陷入日军包围之中，覆灭已成定局。而朝廷调遣援军不力，援军行动迟缓的根本原因，就是没有铁路，否则北洋水师的下场也不至于如此惨烈。
没有铁路的结果，再次敲打着清王朝统治者的心灵。他们也许很后悔，也许想到了张之洞，但一切都于事无补。
李鸿章再陷“卖国门”
北洋水师覆灭，也为日本侵略中国增添了更大的筹码。他们认为谈判时机已到，便点名李鸿章为中方的全权代表。因为他们深知李鸿章的对外主张和谈判特点，而且在谈判这方面，李鸿章是中国的一把手。
至于谈判地点，日本先是定于旅顺，后来又改为日本马关。总之，他们说什么就是什么，打败仗的清政府只有卑服的份儿。
但张之洞坚决反对议和，他再三致电李鸿章：“议和不过是为了换取目前暂时安宁，其实目前并不安宁，这种深以为辱的谈判，还是不要谈！”然而，他的主张被李鸿章驳了回来。
光绪二十一年（1895年）三月二十三日，李鸿章在日本马关同日本签订了他有生以来最丧权、最辱国的《马关条约》。
《马关条约》的主要内容是：中国承认朝鲜为日本的殖民地；割让台湾、澎湖列岛及辽东半岛给日本；赔偿日本军费两亿两银；开放沙市、重庆、苏州、杭州为日本通商口岸；同意日军继续占领威海、刘公岛要塞。
这份条约签订后，朝野震惊，举国悲痛，全国臣民高喊拒绝，齐声痛骂李鸿章是卖国贼，并纷纷要求朝廷处死他！李鸿章再次陷入“卖国门”。
李鸿章怎评说
李鸿章究竟是不是卖国贼，这个争议一直持续到今天。今天，历史仍然没有给他一个完整而客观的评价。对于李鸿章，我也不好评价，但有几个问题，我要说明一下：
第一，中国战败和北洋水师覆灭的责任，不完全在他。他负有管理不善、训练无方、指挥无能的领导责任。最根本的原因，在于清朝统治阶级的黑暗腐败和大臣之间的相互算计，比如慈禧挪用海军经费，翁同龢公报私仇克扣海军经费等。
李鸿章早就意识到了日本水师舰队赶超中国的危害性，并致力于海防建设与发展，但由于慈禧和翁同龢的阻碍，中国海防一直处于停滞状态。因此，板子不能打在他一个人身上。
