张之洞崩溃极了，他觉得清政府无可指望，于是大举联络清政府驻各国公使，募集洋兵，购买战舰，保卫台湾，但列强的态度依然是坐山观虎斗，他的设想还是没能实现。
《马关条约》签订后，清政府决定放弃台湾，并电令唐景崧撤防。张之洞极力反对，他一边紧急联络国际社会，一边鼓励唐景崧、刘永福留守台湾，团结台湾军民，与日死战。
为了解除唐景崧的后顾之忧，他还把唐景崧的老母亲接到南京赡养，并电告唐景崧：“你为国尽忠，我替你尽孝，你就不担心你母亲了。”唐景崧听后感动得哇哇大哭，他当即和刘永福向张之洞表达了死守台湾的决心。可是，清政府再三逼令他俩撤回大陆。
四月二十六日，清政府再次下达撤防令，唐景崧和刘永福非常难办，而台湾民众却把他们当作救命稻草一样死死地留住了，因为谁也不愿意做侵略者的殖民。
唐景崧和刘永福被深深地感化了。蓦然间，他们作出决定：无论如何，我们都要留下来。即使被朝廷剁了脑袋，也在所不惜。杀人不过头点地，砍头不过碗大的疤，怕啥呀？作出决定后，唐景崧就电奏朝廷，表达了他不能离开台湾的苦衷，并致电各省请求援助。
张之洞大力肯定唐、刘二人的留台决定，为了支持他们抗日，他又拨出30万两银子，从香港汇丰银行转汇台湾。但他的这一切举动，被一个人尽收眼底——李鸿章。
李鸿章一直担心他破坏条约，于是派人在厦口港口搜集内地支援台湾的情报，张之洞的所作所为，他都了然于胸。
四月二十四日，他向朝廷告状：“在背后指使台湾民众拒绝条约的人，就是张之洞！”
五月初五，朝廷电令张之洞：“台湾的事你不要再过问了，也不要再给台湾拨解粮饷军械了，免生枝节。”
朝廷的态度还算客气，但就在这一天，朝廷竟然派李鸿章的长子李经方(1855—1934年，字伯行，安徽合肥人，原为李鸿章六弟李昭庆之子，后过继给李鸿章为长子)赴台湾基隆与日本代表签订了台湾交割文件。
这爷儿俩挺有意思，老子谈判，儿子签字，真是子承父业。但台湾军民不买账，他们质问李经方，你是谁啊？你有什么权力把台湾交给日本？
官二代李经方很不高兴，只听他大声咆哮：“我爸是李鸿章！”
李经方的这声大吼石破天惊，令大家胆战心惊：哎呀妈呀，吓死我们了，赶紧撤吧。
台湾就这样沦陷于日本。
张之洞闻讯，立即电告唐景崧：“不要惧怕日军，台湾地广山险，日军兵少不易进攻，你们只要坚守三个月，国际社会必然会出头管这事，我也会不遗余力支持你们！”
朝廷得知张之洞的态度后，再次电令他不得援台粮饷军械，并命令他在各海口严查私运粮械资台作战的行为。朝廷玩这一手还算高明，张之洞确实很难办，但他的立场依然不变。
台湾沦陷后，台湾军民的抗日**空前高涨，在台湾抗日义军的拥戴下，刘永福自任军事统领，会同台南镇总兵杨泗洪留台抗日。随后，他们在新竹、苗栗、彰化、云林等地与日军开展了激烈的战斗，一共歼敌5000余人。
遗憾的是，唐景崧最终没能顶住压力，抗日决心全然丧失。不久他弃守台湾，撤回大陆。
唐景崧撤了，台北很快沦陷，清军守将及当地官员四处逃散。这时，只有刘永福的黑旗军和台湾义军在台南抗战。于是，张之洞只好把抗日的希望寄托在刘永福的身上。
可刘永福弹尽粮绝，台湾要地接连失守，他连连致电张之洞求援：“天下只有老首长您一人顾全大局，痛哭流血。可我这里更流血啊，我求您速速设法救援，我和台湾是生是死，全靠您一人了，您可一定要信守诺言啊！”
听了刘永福的这番话，张之洞的心真的在流血。他毅然不顾朝廷的禁令，一边同闽浙总督边宝泉商议援台事宜，一边密令部属以私人的名义筹款援台，很快募得3万两银。
然而朝廷和李鸿章一直严防着张之洞，他的一举一动都在李鸿章的监视之下。清政府唯恐得罪日本而吃不了兜着走，便再次严令张之洞不得接济台湾！
