但张之洞并没有对濒危的朝局袖手旁观，在深化教育改革、全力督办铁路的同时，他最忧虑的两件事情越来越尖锐：全国各派各族人民的反清情绪日益高涨，已成为不可调和的民族矛盾；皇族亲贵排挤汉臣的行为和心理也登峰造极，从而导致朝局动**，人心恐慌。
张之洞深知这两件事如果不加改良和控制，势必直接葬送大清帝国的命运，于是他再次上奏慈禧：“欲御外侮，先靖内乱，探源扼要，唯有请颁布告天下，化除满汉畛域。”
这是张之洞的肺腑之言，慈禧终于听进去了，她承认朝廷存在“满汉畛域”的事实，为缓和民族矛盾，拯救危局，她还下令取消满汉异法，允许满汉通婚等，但这一切都于事无补。
帝后驾崩
进入光绪三十四（1908年）年，光绪和慈禧的身体每况愈下。特别是光绪，他自幼体弱多病，心肝脾胃肾都有问题，什么药都吃过了，可始终不见效果，目前已病入膏肓。而慈禧的健康也出了状况，她失眠、心烦、不思进食，身体越来越虚弱，但她一直强撑着。
这年五月，朝廷正式向各省通报光绪病重的消息，希望各省举荐名医进京为他治病，名医倒是来了一大堆，可他的病还是未见好转。与此同时，慈禧的病情也在不断加重。
十月十八日，宫里突然传出光绪和慈禧都病危的消息。慈禧深感光绪和自己来日不多，于是急忙安排后事。所谓的安排后事，就是册立一个新皇帝。
光绪一直没有生育，慈禧便想让他的五弟也就是第二代醇亲王载沣的长子溥仪继位。
第二天，慈禧就授醇亲王载沣为摄政王，并令年仅两岁的溥仪入宫教养，立为皇储。载沣是清朝第三个摄政王，也是最后一个摄政王。也就是说，光绪一旦驾崩，就由溥仪继位，军国大事就由载沣裁定。
慈禧作出这样的安排时，征求了两个人的意见。一个是满族军机大臣世续，另外一个则是张之洞。
张之洞坚定不移地支持慈禧的安排，慈禧很放心，然后语重心长地对他说：“奕劻已老，载沣年轻，你是三朝元老重臣，国家政务历练颇深，日后国政，仗你办理。”
张之洞听后老泪纵横，立马跪谢。他知道，这是慈禧的临终托孤，他就是托孤大臣。
十月二十一日酉时（17时至19时），光绪皇帝驾崩，享年38岁，庙号德宗。
当天晚上，慈禧就令溥仪继位，他就是历史上的宣统皇帝。他是清朝末代皇帝，也是中国历史上最后一位皇帝。与此同时，慈禧又令载沣监国，而光绪皇帝的皇后——隆裕也自然晋级为皇太后。
当满朝文武还没从光绪驾崩的悲痛中走出来时，第二天未时（13时至15时）慈禧也驾鹤西去！
接连两天，光绪和慈禧相继死去，这两件事非常诡异！一时间，朝局动**，朝野恐慌，国内外各界纷纷猜测、评议……
慈禧的死因争议不大，她74岁了，年事已高，生老病死，因病而死，自然而然。但光绪皇帝的死因，一直都是个谜。
关于光绪的死因，众说纷纭，归纳起来，主要有这样几个版本：
其一，慈禧在病危期间，唯恐自己死后，光绪会推翻她的既定朝政以及平反她一手制造的种种冤案，于是令人将光绪毒死，让他先自己而死。
其二，袁世凯在戊戌变法的关键时刻出卖了光绪。袁世凯担心慈禧死去，光绪绝不会轻饶他，于是借寻医进药的机会，暗中将光绪毒死。
其三，光绪从小就有脾胃虚弱的毛病，成年后又有遗精症状，而且一天比一天厉害。后来，他患上了肺结核，身体更糟。再后来，他政治失意，长期精神抑郁，从而导致严重的神经官能症，逝世前一年就已病入膏肓，可能死于心肺功能衰竭，并发急性感染。也就是说，光绪皇帝系正常死亡。
第三种说法比较有根据，也被史学家广泛采纳，但在2008年11月14日，国家清史编纂委员会在北京举行的光绪皇帝死因研究工作报告会上，却公布了一个令人震惊的调查结果：光绪死于急性砒霜中毒！也就是说，他是被人用砒霜毒死的！
