光绪二十年（1894年）甲午战争爆发，朝廷命鹿传霖兼任西安将军，次年又升任四川总督，但他却得罪了恭亲王奕訢而遭罢免。光绪二十四年（1898年）戊戌政变后，他由荣禄推荐任广东巡抚，次年调任江苏巡抚。
这次，张之洞抗旨策划东南互保，他的心里一直很忐忑。最终，他的胆小谨慎占了上风，他认为这是一种掉脑袋的抗旨越权行为，于是决定退出。鹿传霖退出后，自感在东南待不下去了，便为自己谋了一条更好的出路：募兵3个营奔赴山西，护驾西逃的慈禧和光绪至西安。
鹿传霖这是在搞政治投机。事实证明，他的这次政治投机搞得相当成功。刚到山西，慈禧就坐地把他提拔为两广总督，接替李鸿章（已调任为直隶总督兼北洋大臣，负责同联军谈和）。到了西安后，慈禧又升他为户部尚书兼军机大臣，他体验到了坐火箭升官的感觉。
第二年三月，慈禧又令他担任政务大臣，不久充任体仁阁、东阁大学士。至此，他入阁拜相，位极人臣。
光绪三十四年（1908年），末代皇帝溥仪嗣立后，他被加封太子少保，后晋太子太保，权位显赫一时。
鹿传霖的功名和影响力，远不及他的小舅子张之洞，却先于张之洞入参军机，且领大学士位，这实在让人觉得不公平。但古往今来，搞政治投机的人，往往都走捷径。对此，我们不予肯定，也无须多评。
老成谋国
姐夫退出了，张之洞也不好勉强什么，他只好敦促盛宣怀尽快与帝国列强订约。
五月三十日，经过多方努力，“东南互保”订约仪式终于在上海举行。盛宣怀和余联沅为代表，刘坤一、张之洞及三江两湖各省都派代表参加。
当日，双方议定了《东南互保约款》九条和《保护上海城厢内外章程》十条，规定长江及苏杭内地均归各省督抚保护，上海租界归各国共同保护。
会上，各国驻华公使表示，只要参与东南互保的各省督抚确保治下和平稳定，除了正在进行战争的北方外，不需“忧虑我们这方面的任何攻击”。
东南各省倒是无忧了，但张之洞和刘坤一却不能不忧，因为他们已严重违抗了朝廷和慈禧的旨意，大有同朝廷分庭抗礼之嫌。
相信关于这一点，很多人提出过质疑。近年来，一些历史学者研究认为，张之洞在日、英、美等帝国列强的支持和操纵下，欲抛弃大清，做帝王之梦，即建立另外一个中华帝国。我认为这事并非空穴来风，以他当时的势力、地位、影响力和权谋手段来说，是可以实现这一切的。但他处事谨慎，圆滑机智，面面俱到，既不会授人以柄，也要给自己留足后路。
在签订《东南互保约款》的当天，他就联合刘坤一电奏慈禧，表达自己的苦衷：
“就目前而言，北方已同八国决裂，前途不堪光明，东南各省若再遭**，中国就无一片净土。到那时，会弹尽粮绝，全局瓦解，不可收拾。只有稳定各国，才能保疆土平安。纵观长江商务，以英国为重，但其他各国觊觎已久，只是惧英不敢动而已，而英国亦虑其他各国干预而不敢强占，我正可就其所忌相互牵制，此实委曲求全之策……
倘若各国一定要刀兵相见，派大队兵舰来长江攻我营台，如果真到了这种地步，臣等受恩深重，有守土之责，必将尽力抵御，存亡与共。”
这道奏折写得非常圆滑，滴水不漏，慈禧看后竟然赞赏他们“度势量力，不欲轻构外衅，诚老成谋国之道……”后来，慈禧还称东南互保与朝廷“意见正复相同”。
慈禧倒是搞定了，可《东南互保约款》签订后的第三天，慈禧的宣战令就在上海公布，盛宣怀担心八国知情会反水起兵，于是立即通知了张之洞。
张之洞闻讯后，非常冷静，他想到了两个应对措施。
第一，他和刘坤一商定，打死也不承认接到朝廷的宣战令，无论发生什么事情，我们都不要改变东南互保的约定。
