稳定了朝局人心后，慈禧又调整了军机处的班子。
中日甲午战争前调整的军机处班子，其成员分别是世铎、张之万、翁同龢、李鸿藻、孙毓汶、徐用仪、刚毅，还有统领军机处的恭亲王奕訢。这八个人，大部分都老了，退了，没了。
恭亲王奕于戊戌变法前半个月就病故了，享年65岁。恭亲王一生身兼皇子、亲王、议政王、军机揆首、总理衙门大臣五大顶尖职爵，一生五起四落，风光无限，却又十分憋屈。他的一生是传奇的一生，也是窝囊的一生。他的四个儿子三个早逝，活着的二子还过继给了八弟奕詥，他去世后，王爵便由嫡孙溥伟（1880—1936年）承袭。
溥伟名义上是奕訢长子载澄的儿子，实质上则是次子载滢之子，因为载澄无子，溥伟便过继给载澄。溥伟毫无影响。因此，奕訢死后，恭亲王成了绝版。
张之万在光绪二十二年（1896年）就退休还乡了，次年病逝于老家南皮，享年87岁。老头子生得其所，死得其乐，一辈子深得皇恩，位极人臣，却为官平庸，功名及后世影响力远不如他的族弟张之洞。张之万死后，朝廷追赠太子太保，谥号“文达”，与纪晓岚齐名。
李鸿藻于光绪二十三年（1897年）病逝，享年77岁。老头子倔了一辈子，却为官俭朴，为人正直，他死后朝廷追赠太子太傅，谥号“文正”，与曾国藩齐名。
翁同龢的人生结局，前面提过了，这里不表。
孙毓汶和徐用仪因在中日甲午战争中力主求和，再三逼迫光绪皇帝批准《马关条约》，而遭到臣民的唾骂与弹劾。战后，孙毓汶请求病休，直到光绪二十五年（1899年）他才死去。徐用仪被人参劾为“朋比误国”，他也因此退出军机处和总理衙门。
剩下的军机大臣中，世铎继续无为，他后来基本上与政治无瓜葛，可以无视他的存在。除他之外，也只有刚毅一个人了。
可见，当时的军机处力量十分薄弱，慈禧不得不调整补充自己的人手。她首先对刚毅委以重任，授予他兵部尚书、协办大学士。随后，她又把徐用仪召了回来，授予总理衙门大臣，次年又晋升都察院左都御史、兵部尚书。
至于军机处，她安排了三个人，一个是荣禄，一个是王文韶，另一个是裕禄。
八月十三日，也就是问斩“戊戌六君子”的那一天，慈禧就令荣禄卸任直隶总督兼北洋大臣，同时授予军机大臣，令他执掌兵部，节制北洋各军。
荣禄入参军机后，原四川总督裕禄(1844—1900年，喜塔腊氏，满洲正白旗人)接任直隶总督兼北洋大臣，裕禄也是慈禧的亲信。慈禧令他接替荣禄后，又授予他军机大臣、礼部尚书兼总理衙门大臣。荣禄入军机前，慈禧就把王文韶从直隶总督兼北洋大臣任上调入军机，兼任总理衙门大臣。
第二年，慈禧又补了一个军机大臣：刑部尚书赵舒翘 (1847—1901年，陕西西安人），赵舒翘入军机后，升任总理衙门大臣兼管顺天府尹（北京）。至此，新的军机班子组建起来了，他们是世铎、刚毅、王文韶、荣禄、裕禄、赵舒翘。
不难看出，这几个军机大臣，或者无为，或者无能，或者无才，或者无名。总之，他们是一代不如一代了，清朝真的无能人了，这个王朝真的快完蛋了。
避祸而上位
张之洞对军机处毫无兴趣，在这场令他肝肠寸断的政变中，他只求自保。因为他和维新派有着千丝万缕的联系，也和帝党关系暧昧。慈禧即使不严办他，罢免他也是不为过的，可他在这场政变中竟然毫发未损，反而再次名利双收。
这一切，皆缘于他的老谋深算和权谋手段。特别是他的那部《劝学篇》，既与维新派划清了界限，也为各个政治派别所接受，并成为朝廷执政的行动纲领，实在是神来之作。
而《劝学篇》的超级畅销，也和慈禧的大力推行密不可分。如果说《劝学篇》侵犯了慈禧利益的话，那她也不会任其畅销全世界的。可见，慈禧对张之洞依然是倚重和信任的，尽管她知道张之洞同维新派和帝党关系暧昧。
