慈禧和她的后党在思想上是顽固守旧，但光绪皇帝诏定国是，推行维新变法是经过她同意的。光绪皇帝一直是傀儡，像变法这等大事，他不可能不请示慈禧。事实上，中日战争后，慈禧本人也有了“中国须变革才能图强”的意识，因此她本人并不那么顽固地反对维新变法。她只是反对康有为等人“结党营私”的行为、“改革政体”的主张、“保中国不保大清”的言论以及他们联合光绪皇帝，架空并控制她慈禧及其后党成员的谋逆活动。
如果康有为等人和光绪举事成功的话，那大清国就真的不保了，她慈禧的政权和老命也就真的完蛋了。她是不会让这一情况出现的，于是她立即发动了政变。
在发动政变前，慈禧只是在旨令中斥责康有为“莠言乱政”，令他停职待参，并未通缉，也并未申斥谭嗣同等人。但当她得知康有为和谭嗣同有意图谋逆时，就对他们起了杀心。
她是权欲熏心、心狠手辣的太后，你想控制她，她不杀你才怪！
慈禧囚禁光绪后，下令关闭北京各城门，封锁交通，派兵全城搜捕维新派人士，特别是要缉拿首犯康有为、梁启超，还有那个主张拉拢袁世凯进京勤王、控制她的谭嗣同。
慈禧下达通缉令后，康有为和梁启超在日本驻华使馆的帮助下成功逃往日本。
在日本，他们结识了革命先行者孙中山，但他们的政见和孙中山有着本质的不同。孙中山是要推翻满清王朝和两千多年的封建社会；而康有为和梁启超则鼓吹改良，反对革命，力保光绪皇帝归位，康有为后来还在加拿大组织成立“保皇会”。
从此，康有为和梁启超又从维新派，演变成为“保皇派”。清朝灭亡后，他们才回国。
康有为和梁启超逃了，谭嗣同和杨锐等人却没逃，他们压根就没想逃，他们甚至还策划营救光绪皇帝，可最后没有成功。
八月初九，谭嗣同和杨锐等人被逮捕。谭嗣同被捕后，他的挚友、贴身护卫、武林大侠大刀王五（1844—1900年，河北沧州人）曾联络武林人士，买通狱卒，密谋营救他，却被他坚决拒绝了。谭嗣同视死如归，他还在狱墙上题了一首千古名诗：
望门投宿思张俭，
忍死须臾待杜根。
我自横刀向天笑，
去留肝胆两昆仑。
八月十三日，慈禧令军机大臣刚毅将谭嗣同、杨锐、刘光第、林旭、杨深秀、康广仁（康有为的弟弟）六人押赴北京菜市口开刀问斩，这六人就是“戊戌六君子”。
这一年，谭嗣同年仅33岁，杨锐年仅41岁。
北京发生的一切，张之洞都了如指掌，这一切都在他的预料之中。
在“戊戌六君子”中，除了谭嗣同和康广仁外，另外四人都是他的门生、幕僚和亲信，他心痛万分。特别是杨锐，他一直都把杨锐当做第一门生，只是因为做了他忠实的卧底，才惨遭非命。杨锐死得十分悲壮，刽子手手起刀落后，他“血喷丈余”，围观者惊骇不已。
正因为此，张之洞从内心深处，深深地、永远地负罪和愧疚于杨锐。杨锐被捕后，他急电盛宣怀恳请军机大臣王文韶设法营救，并直接电请直隶总督荣禄代他向慈禧求情，但慈禧杀心已决，他回天无力。
三整军机
慈禧临朝训政后，继续通缉康有为和梁启超，并将康、梁的同党一网打尽：革除已经开缺回籍的翁同龢，永不续用；罢免湖南巡抚陈宝箴、学政江标、按察使黄遵宪等人。
请注意，慈禧对待帝党及维新派人士，只是革除和罢免，而没有像以前那样赶尽杀绝，这似乎不像她的风格，但这说明了一个问题：她并不是绝对反对维新变法。
恰恰相反，发动政变后，她还担心朝臣们不敢再言维新变法，于是再三强调：“一切有关国计民生者，无论新旧，仍应次第推行，不能因噎而废食。务请内外臣工，一化新旧之见，不得妄意揣摩，或挟私攻诈……”
这是慈禧的原话，她的意思是说，不要因为朝廷通缉康、梁，处斩了谭嗣同等人，就不敢再言维新变法了；也不要因为有人参与过维新变法就对其挟私报复，揪住不放了。可见，慈禧对维新变法还是持积极态度的，并不是全因反对维新变法而发动政变。
