但是，即使收费低廉，国民政府因为财政紧张还是拖欠运费。卢作孚的儿子卢国纶说：“我看我父亲那段时间的信，很多都是向政府要钱。总是不能够及时收上来，拖上一年半载的。”这些收不上来的呆账又因为通货膨胀问题而变得日益庞大。“那时候物价涨得飞快，今天你发了工资，不马上去买米，明天就少了一半，甚至还要少，再过几天，可能就完全不值钱了。所以，民生公司的钱收不到，等收到了，又不值钱了。”同时，当时政府为了保证社会安定，还出台了一个政策，就是限制运价、限制票价。哪怕物价天天涨，在几个月甚至半年、一年之内，航运公司的运价和票价都不能涨。
抗战期间，民生一共有16艘船沉没，牺牲了160多位员工，可以想象民生的处境有多么艰难。民生公司是卢作孚一生心血所系，他的痛苦和委屈也是作为一个民营实业家所遭遇的困难和阻力。
长期巨大的心理压力下，卢作孚的身体很不好。1941年冬天，他因为严重的心脏病在歌乐山疗养了半年。这半年里面，22岁的大儿子卢国维第一次有机会像个成年人那样和父亲一起长时间交谈。“有一次，我父亲跟我说，想把民生公司交出去。他还说，自己真正的兴趣不是办实业，是搞建设。”
1943年10月，卢作孚写下一篇文章《一桩惨淡经营的事业》，他说“我草这一篇民生实业公司的小史，不是注视它如何成功，而是注视它如何经营艰难困苦。这一桩事业从降生起直到今天，也许直到无穷的未来，没有一天不在艰难困苦中”。
不仅如此，卢作孚还要应对来自官僚买办资本的挤对甚至侵吞。
1939年年初，卢作孚打算改造一批旧船，但经过宜昌大撤退，连续两年的亏损，已经让民生拿不出这笔钱。于是，卢作孚准备将民生的资本增加为700万。消息一出，孔祥熙通过中央信托局转告民生，官方打算入股60%，宋子文也打算通过中国银行入股民生。
卢作孚托人转告孔宋，说民生业务困难，无利可图，而且民生是纯粹的民营公司，官方入股不太合适。同时，他很快撤销了增资的计划，改为发行700万公司债券。为了防止因为债务而被控制，他还特地把债券分给18家不同的银行。
抗战八年，虽然偏居一隅，但卢作孚始终没有放弃民生的壮大发展，他甚至已经设想好了抗战胜利后民生冲出长江走向世界的蓝图。
卢作孚利用担任政府交通部常务次长的身份，结交了一些外国驻华使节，向他们分送了有关民生公司经营情况的资料，引起了加拿大驻华大使的注意和兴趣。1944年10月，他又利用赴美参加国际通商会议的机会，结识了加拿大驻美商务代表皮尔士。通过皮尔士的介绍，卢先生又于1945年2月专赴加拿大，同加政府有关部门和金融界具体商谈。由于加政府事先对民生公司和卢先生有所了解，以及战后输出资本发展工业的需要，因而很顺利地达成了借款造船的协议草约。草约规定，由加拿大帝国银行、多伦多银行、自治领银行业３家银行，贷与民生公司1500万加元（当时加元和美元比价相当），用于在加拿大订造轮船和购买材料，拟造小型客轮12艘、大型客轮6艘。贷款由民生公司出具期票，加政府为民生公司向船厂保证到期付款，偿还银行，同时由中国政府致文加政府，为民生公司贷款担保。
这是一笔长期、低息、大款额，并不附带任何条件的优惠贷款。在旧中国历史上，一个民族资本企业，能够获得这样一笔贷款，实不多见。这也说明，卢先生的人格魅力，已从国内飞越到大洋彼岸，受到加拿大朝野的信服和青睐了。
然而，当卢作孚回国请政府为这笔贷款担保时，却遭到了宋子文的拒绝。这让卢作孚非常为难，不能这样把脸丢到国外去了。为此，他曾经两度辞职，但董事会不同意，慰勉他留下来，说他劳苦功高，功勋卓著，得到了全体员工的尊敬。
