章军的战略态势，发生了巨大的变化。事实上，有了阿里山地区，章军已经牢牢地掌握了战场的主动权。以阿里山为依托，章军进可攻退可守。
唯一的问题是，阿里山毕竟物产不够丰富，难以承受数万章军的供给。所以，周宪章在阿里山站稳脚跟后，仍然只是把独立旅放在山里，主力留在台南地区。阿里山章军兵力，只有五千人。
不过，伏生和孟侬组织邹族勇士，组成了一支三千人的军事组织，号称章军阿里山纵队。独立旅在玄月湖消灭了日军渊田支队后，缴获了不少枪支弹药，周宪章把大炮留下，枪支全部交给了阿里山纵队。孟侬担任纵队长。
阿里山纵队是章军的地方武装，直接隶属于阿里山通事——也就是周宪章本人。阿里山纵队的主要任务，是帮助章军征集粮草，打探情报，组织民间自卫力量守护家园。同时，他们也是章军的补充营和预备队，可以向章军输送兵员，战事紧迫的时候，也可以作为预备队直接参战。
阿里山邹族归服章军，还带来一个连锁效应。邹族是台湾原住民当中一个较大的民族，在台湾具有相当的号召力。邹族与章军结盟，在台湾其他地区的原住民，泰雅族、阿美族、布农族、卑南族、达悟族、排湾族、鲁凯族、邵族、赛夏族、噶玛兰族、太鲁阁族、撒奇莱雅族、赛德克族等等，迫于日军的压力，也纷纷向章军靠拢。
很快，台湾全部原住民都归服在章军的旗帜下，形成了一个坚固的抗日同盟阵线。
吴彭年和丘蓬甲以章军特派员的身份，潜入台湾中北部日军占领区，与当地汉人和原住民建立联络，组建了三个游击纵队，第一游击纵队司令吴彭年，在彰化一带活动，第二游击纵队司令丘蓬甲，在台北一带活动，而第三游击纵队司令是梅里溪的弟弟梅幺，以阿里山为根据地，向西北方向活动，与第一、第二游击纵队相互呼应。
乃木希典为了慑服台湾民众，借用日本辰戊内战的经验，对占领区采取了残酷的高压政策，日军对拒绝与日军合作的当地人，连同他们的亲属，进行残酷诛杀。然而，乃木希典忘了，中国人不是日本人，日本人向来欺软怕硬，而中国人却是遇强则刚，遇弱则柔。残酷的杀戮，不仅没有慑服台湾民众，相反，激起了民众对日军强烈的仇恨和反抗意志，自从日军占领台湾中北部，民众自发的反抗就没有停止过。只是，这些抵抗没有组织，缺乏领导，更缺乏后援，很快就遭到日军镇压。
而现在，吴彭年、丘蓬甲率游击纵队潜入日站区，民众自发的抵抗，与游击纵队的组织体系结合起来，立即发挥出了巨大的作用。在当地民众的帮助下，游击队攻击日军的据点和交通线、铲除汉奸、劫杀小股日军。打得日军惶惶不可终日，很快，散落在乡村集镇的日军据点，被游击队一个个拔除，日军用刺刀建立起来的地方治安政权，也是摇摇欲坠。
表面上，日军控制着辽阔的台湾中北部，而实际上，日军能够控制的，只是台北、基隆、台中、新竹、彰化这些大中城市，在辽阔的农村和山区，成了章军游击队的天下。
按照周宪章的授意，吴彭年和丘蓬甲在敌后的活动，不仅仅是打击日军，更为重要的任务，是选拔才俊，建立地方政权，为章军全面接管台湾做好准备。章军占领阿里山后，周宪章就意识到，他已经奠定了乙未战争胜利的基石，胜利只是一个时间问题。现在，他需要考虑赶走了日本人之后的事。
周宪章决心，决不能把章军兄弟们用鲜血换来的台湾，拱手交给大清国朝廷！
……
10月4日，也就是周宪章进入阿里山后的第三天，那哈五率部撤离嘉义，退守太保。
历时三天的嘉义攻防战结束。
近卫师团在付出了三千伤亡的惨重代价后，终于占领了这座被炮火毁灭的城市。
近卫师团攻占嘉义，是一场惨胜。然而，志大才疏的伏见宫贞爱亲王却把这场胜利当成是他的吉兆。他不顾部队的疲惫，命令近卫师团穿城而过，急速向章军的下一道防线太保进军。
