（丙）违反人道罪：指在战争发生前或战争进行中之杀害、灭绝、奴役、借暴力强迫迁居，以及其他不人道行为。或基于政治上或种族上之理由之虐害行为的，此种虐害行为系于执行或共谋归本法庭管辖之任何罪状所施行者。至于其是否违反犯罪所在地之国法，则有所不问。凡参与策动或执行任何犯上述罪行的共同计划或同盟之领袖、组织者、教唆犯及共犯，对任何人在执行此项计划中所为之一切行为均应负责。
因为主要战犯所犯罪行多属甲类，故被称为甲级战犯，这些战犯自然是侵略国那些最高负责人了。
作为一种公正的体现，此宪章第九条丙款还规定，各被告有权自由选择自己的辩护人，但若此辩护人与被告有某种瓜葛而不适宜担任此人之辩护律师，法庭亦随时可以不承认罪犯所选定的辩护人并重新指定。照此条例，审判中日本方面的辩护人有鹈泽总明等二十八人，美国方面有柯尔曼等二十二人。
接下来就是选定被告了，各国在最初的会议上先提出本国的名单再予以讨论。分别提出名单最多的国家是澳大利亚，一百人；最少的是英国，十一人。差别如此悬殊，只好反复讨论。
好不容易，大家才取得共识，决定以二十人左右为宜。
此时，苏联因发觉东京宪章与纽伦堡法庭宪章大不相同，经向美国质问，却未得到明确答复，于是就采取拖延战术，代表团迟迟不到。以至苏联方面几乎未能参与选定被告的工作，使一些该入被告席的罪犯们得以在美国庇护下逃脱。而中国代表团一行三人则刚刚抵日。中国代表团的检察官即团长为向哲浚大法官。
向法官生于１８９６年，少年时留学美国，获华盛顿大学法学士学位，而后回国效力，出任大学教授及上海高级法院首席检察官一职。向法官此行肩负民族重任，心中发誓，要严惩那些侵华战争罪人。果然，中国政府委托向检察官呈交的二十一人名单中，有十名"荣幸"成为最后被选定的被告。
３月１１日上午，第一批被告被选了出来。他们是：东条英机、东乡茂德、铃木贞一三人。选定此三人不难知平原因，他们都是太平洋战争爆发时东条内阁之阁僚，东条是首相，东乡是外相，铃木则是规划院总裁，等于欧美国家的内阁计划部长，自是详知侵略计划。因此各国对三人成为被告均无意见。
紧接着，松冈洋佑、荒木贞夫、板垣征四郎入选，他们也是全普通过。
其后不到一个月，先后选定了二十六名被告，待到苏联代表团到达时，可以说大局已定。但苏联人对美国操纵审判和包庇战犯气愤不已，此时坚持要增加被告，于是又追加了梅津美治郎和重光葵二人。至此便一共确定了二十八名被告。
东条英机，１９３７年６月任关东军参谋长，１９３８年任陆军次官，１９４０年７月任陆军大臣，１９４１年１０月至１９４４年７月任首相兼陆军大臣和内务大臣，陆军大将，被称为"日本希特勒。”
平沼骐一郎，１９３６年至１９３９年曾任首相，在第二、第三届近卫内阁中分别任不管部大臣，任首相之前曾任枢密院院长，是最隐蔽的法西斯组织"国本社"的领导人，被公认为“日本法西斯之父"。
广田弘毅，１９３３至１９３６年任外相，１９３６至１９３７年任首相，对侵华战争负有不可推御的责任。
小矶国昭，曾任关东军参谋长，拓务大臣，朝鲜总督，是“战败内阁"前一届内阁的首相（１９４４至１９４５年），曾参与操纵伪"满洲国"支持扩大对华战争和太平洋战争。
荒木贞夫，曾任陆军大臣，文部大臣，内阁参议，日本军国主义扩张集团公推其为"思想家"，曾煽动和组织反对苏联的战争。
土肥原贤二，一个老奸巨猾的间谍头子，对１９３１年东北爆发的"九-一八事变"负有直接责任，历任高级指挥官，航空总监，军事参议官，日本第平方面军司令官。此人对中国和东南亚人民来说，是一个大魔头。
