高拱在南方两广、云贵边事上亦颇多建树。隆庆初，广西古田壮族人韦银豹等据寨反明，有司多次往抚剿，均不效。高拱再起，荐殷正茂为总督往剿。正茂任法严、善战，但性贪。高拱说：“吾捐百万金予正茂，纵乾没者半，然事可立办”①。其实，他在用正茂的同时，已着眼于提擢、培养本省人才，在两广郡县中“多除制科，宽其荐额，勿拘成数”，引导民风向上。不久，果然“乱民乐业而向化矣”。时人都以高拱为善用人。隆庆四年，贵州抚臣告土官安国亨叛，请进剿。高拱不轻信是言，经深入察查，知“国亨非叛，而巡抚者轻听谗言以幸功也”，便专派员前去安抚释嫌，避免了一场兵戎相加。
专横招物议，逐归田里高拱励精图治，不数年内，政绩卓然，自是一面。但他以才略自许，负气凌人，“性迫急，不能容物，又不能藏蓄需忍，有所忤触之立碎。每张目怒视，恶声继之，即左右皆为之辟易”②，很是专横跋扈，这是他的另一面。正是这一面，造成了他与同僚的仇隙不合，以致招来物议，酿成了以后被逐的悲剧。
先是四年七月，曾也是裕府旧僚的大学士陈以勤，因与高拱有小嫌，又见高拱在内阁不可一世，恐终不为所容，便激流勇退，引疾罢去。不久，掌都察院大学士赵贞吉因高拱挟私憾考科道，上疏请止。高拱不悦，与之相倾，嗾门生、给事中韩楫劾赵贞吉庸横。赵贞吉也抗章劾拱。穆宗眷高拱竟令赵贞吉致仕。赵贞吉曾因高拱以内阁掌吏部，权如真宰相，请李春芳谋与掌都察院，以遏高拱权，李春芳许之。赵贞吉去，李春芳自不安，李春芳又曾因徐阶事与高有隙，遂于五年五月乞休归田。高拱接任首揆，越发趾高气扬。时殷士儋甫入阁辅政。士儋亦高拱裕府同僚，因不曲事高拱而久不得擢。后取中旨入阁，高拱不悦。后有人劾高拱心腹张四维，高拱疑殷士儋指使，又嗾韩楫相胁。殷士儋不能忍，在内阁当面诟拱：“若先逐陈公，再逐赵公，又再逐李公，次逐我。若能长此座耶？”说罢竟挥拳击高拱①。五年十一月殷士儋也被驱出。这样，旧辅除张居正外，悉被高拱排斥一净。高拱位居极品，颐指气使，专擅国柄。
然而高拱心中总有一段未了的宿怨，即对当年轰他出京的徐阶及其诸言官耿耿于怀。隆庆四年四月，他因海瑞当年劾他的旧怨，将海瑞从应天巡抚调南京清衔。不久，又并其职，逼海瑞“谢病归”。他还“尽反阶所为，凡先朝得罪诸臣以遗诏录用赠恤者，一切报罢”②。四年冬，刑部、大理寺例谳狱，本与高拱无关，他却“自以意请朝审主笔”，且说“上命我视吏部，部事皆吾事，第须得情耳”③。其实是专为王金一案改谳。王金是世宗时方士，①《明史》卷二二二《殷正茂传》。
②王世贞：《大学士高公拱传》。
①王世贞：《大学士高公拱传》。
②《明史》卷二一三《高拱传》。
③郭正域：《高文襄公拱墓志铭》。
