十月，俺答孙子把汉那吉因与祖父发生冲突，率所属阿力哥等十人前来求降。巡抚方逢时、总督王崇古主张受降。奏上，朝议纷然，多以为敌情叵测，不能贸然收留把汉那吉。高拱与张居正却一致支持王、方意见，请奏穆宗加封那吉指挥使，并“厚其服食供用”，以诚相待，结得其心，穆宗准旨。接着高拱又命边臣让把汉那吉穿锦衣、坐华车、骑好马，前呼后拥在街市行走。俺答得晓明廷厚待其孙，深受感动，遂决意与明朝和好，请封贡之事。此议一起，朝廷上下有如鼎沸，反对派援引宋朝讲和之例，力言不可。高拱先利用考察科道之机，将极力反对与俺答结好的叶梦熊“降二级，调外任”①，以息异议。他又发内阁旧藏成祖封瓦剌、鞑靼诸王故事，拣发兵部。并说以己求人机在人，以人求己机在己，现在虏求于我，主动权在我，应该允许。他还说，这次俺答请贡，“较之往岁呼关要索者万倍不同”，“故直受而封锡之，则可以示舆图之无外”②。这种将蒙古与中原看成一个整体的观念，比仅图边安的想法又高一筹。高拱批评反对派：“彼哓哓者岂为国筹利害哉？徒念重大，恐有不效，留为后言耳！”③遂无敢复言者。隆庆五年（1571）三月，明廷封俺答为顺义王，其他各部首领也分别封为都督指挥、千户、百户等有差。八月，明廷又准与俺答互市。
时陕西三边总督以该边不同宣、大，不欲通贡互市。高拱拟旨切责。不久陕西三边也开贡市。“数月之间，三陲晏然，曾无一尘之扰，边氓释戈而荷锄，关城熄烽而安枕”①，从此基本结束了明朝与蒙古鞑靼各部近二百年兵戈相加的局面。
在满朝争议的情况下，穆宗能如此迅速、圆满地解决这一先朝遗患，与高拱等的着力赞襄是分不开的。在议贡过程中，主通贡互市的总督王崇古曾以人言求去，高拱知后，一面在朝廷力称崇古议，一面抱病修书崇古：“惟公安心畅意，始终此事，不必更怀忧虑”②，使崇古受到极大鼓励和宽慰。方逢时因封贡事曾面会俺答下人，遭人弹劾，说他“辄通寇使，屏人语，导之东行，嫁祸邻镇”。高拱力斥其谬，“抚臣临机设策，何可泄也”③，保护了方逢时，使他免受贬谪。穆宗以拱“殚忠远谋，劳绩可嘉”，进高拱少师兼太子太师、尚书，改兼建极殿大学士。
封贡事既成，高拱犹居安思危，担心边方兵将因无事而疏怠偷安，再坏边备。他一向主张“不恃人之不吾犯，恃我不可犯；不恃人之不吾欺，恃我不可欺”④，强调自强。于是再上疏，“请每岁特遣才望大臣四出阅视，以今视昔，钱谷赢几何，兵马增几何，器械整几何，其他屯田盐法以及诸事拓广几何”⑤，明白开报，若比往昔有所增益，则与过去战时擒斩同功论赏；如果只保持以往水平，则罪如失机论处。上嘉纳之。兵部遂一一制定具体措施行①《明穆宗实录》卷五○。
②高拱：《虏众内附边患稍宁乞及时大修边政以永图治安》，《皇明经世文编》卷三○一。③郭正域：《高文襄公拱墓志铭》。
①高拱：《虏众内附边患稍宁乞及时大修边政以永图治安》，《皇明经世文编》卷三○一。②高拱：《与王鉴川书论封贡》，《皇明经世文编》卷三○二。
③《明史》卷二二二《方逢时传》。
④《高文襄公文集·本语》卷六。
⑤郭正域：《高文襄公拱墓志铭》。《皇明经世文编》、《高文襄公文集》均收载。之。
以后的几十年中，西北边境始终安定，无大扰，此亦高拱一大政。
