重为台辅，政绩斐然隆庆二年（1568）七月，徐阶致仕。第二年张居正与太监李芳等合谋，奏请复起高拱。是年十二月，冷落了一年多的高拱接旨后，不顾腊月严寒，日夜兼程，直奔京城，以大学士兼掌吏部重新登台。言路原多与高拱有隙，故人多不自安。胡应嘉闻高拱复出，惊吓破胆而亡，欧阳一敬也在解官归田途中郁郁而死，一时人心惶惶。高拱通过门生腹心散布言论，安抚言路诸官说：“华亭有旧恩，后小相失，不足为怨。”①“拱当洗心涤虑，以与诸君共此治朝”②。言之凿凿，颇为大度，于是人心稍安。
高拱再度上台后，尽心国事。他“为人有才气，英锐勃发”③，办事操切，又不迹常规，在吏治、筹边、行政等方面多所建树。当时高拱以内阁兼领吏部事，责任重大。他“晨理阁事，午视部事”，十分勤勉。他认为吏部职在知人，但真要了解一个人、用其长处并非易事。当时官场士风颓败，为官只是猎取高崇，“权势烜赫者则羡之，正色直言，谪贬蹭蹬者则轻之”④，全不以行为品德为准。因此造成官场“理不明，气亦不振”，官吏以奔趋、巧媚为能事的局面。对此，高拱到任不久即在吏部建立了严格的官员考察制度：“授诸司以籍，使署贤否，志爵里姓氏”，每月汇集一次，交吏部由高拱亲自过目。到年终将册籍全部汇总吏部，作为官吏黜陟的依据①。天下大治，必须广选人才，高拱看到天下科贡占七成，制科仅为三，但朝廷重制科而轻科贡，他以为“崇其三而弃其七”是失措之举，应该进士、举人并用，惟贤是视，量才录用。但举人就选，他又主张“其年貌五十以上者授以杂官，不得为州县之长”，因为州县之长是地方父母之官，责任艰重，必须精力旺盛者才能承担②。他又认为，国家必须广蓄人才，到了要用时才去寻觅称职的人，那是来不及的，于是提出备才之说：“今于紧要之官，各预择其才宜于此者，每三二人置相近之地，待次为备。一旦有缺，即有其人，庶乎不乏。”③他还公开招贤，明令选司，“凡有所缺，悉揭诸门外，使众见之”，各有司可以荐举人选。过去吏部推升官吏，只少数人事，十分隐秘，高拱尽反其道，说：“堂有侍郎，司有员外，疏皆列名而事不与闻，何居此，不过欲行其私耳。吾改其是。”他叫人抱牍至后堂，命人当众揭牍，“即冢宰欲有所上下不能也”④。对于被黜官员，高拱必亲“告以故”，黜者“无不慑服”。当时马政、盐政被视为闲局，朝廷轻之，因而失人废事，使“善政无闻”。高拱体察下情，知马盐二政官处远方贫薄苦寒之地，自是艰辛，遂提议改本省廉谨有才者任之，并宽其交纳之额。如遇优异，则超等擢用。其官重，马、盐二政当自修举，利于国家。高拱还制定和采取了旨在加强考察人才、选拔人才的许多制度和措施，“开王亲内转之例，复一甲读书之规，正抚按举劾之差，核①于慎行：《穀山笔麈》卷四《相鉴》。
②王世贞：《大学士高公拱传》。
③王世贞：《大学士高公拱传》。
④《高文襄公文集·本语》卷六。
①《明史》卷二一三《高拱传》。
②高拱：《议处科目人才以兴治道疏》，《皇明经世文编》卷三○一。
③《高文襄公文集·本语》卷五。
④郭正域：《高文襄公拱墓志铭》。
京官考满之实，分进士讲律之会，定进官升授之条，议有司捕盗之格”①。这些都得到穆宗的准旨，得以实施。于是使朝廷上下、各类官员中出现了人人激奋的新气象。依照明朝旧例，内阁辅臣，“若兼领铨选，则为真宰相，犯高皇帝厉禁矣”，但高拱先以阁臣、后以首揆掌吏部事三年之久，虽犯忌有非议，但成绩斐然，利在社稷。
隆庆年间北方蒙古鞑靼俺答部依然不断入扰，边患成为朝廷沉重负担。
