多娇的江山，万千的气象，开拓了董其昌的襟怀，扩大了他的视野，丰富了他对自然风光的美好感受，为他的艺术创作提供了许多生动的素材。董其昌不但注意观察真山真水，同时还努力从古人的绘画优良传统中汲取丰富的营养，无论在旅途，还是在北京，他都尽力搜采名人法书宝绘，揣摩历代山水画诸流派的风格和艺术渊源，尤其推崇王维、董源、米芾、高克恭和“元四家”的绘画，以为他们的作品富有诗意，有文人的浪漫色彩，而不拘泥于形似。这时候京中的士大夫受李贽的影响，常常三五成群谈禅为乐，董其昌时而也去聚会，加入提倡“性灵”、“顿悟”的行列。他还去通县拜访李贽，一见如故，许为莫逆之友。
受禅家南北宗之分的影响，董其昌巧妙地以禅家的宗派来譬喻历代山水画风格的分野，提出中国美术史上文人与非文人两种创作思想和审美情趣影响下形成的两大山水画流派。他把禅家“北宗”的“渐修”与“南宗”的“顿悟”引入山水画派的区分中，认为文人画如“南宗”，讲求天趣，是“顿悟”的表现，这派绘画是天赋的，非徒有功力者可比；而“北宗”是“作家”之画，只重苦练，却无天趣可言，是“渐修”的表现，此派绘画不应学。董其昌主张画家要“读万卷书，行万里路”，以加强修养。他心目中的文人画派，即画家“南宗”，有王维、张璪、荆浩、关仝、董源、巨然、郭忠恕、米芾父子、“元四家”，他们画山水用渲染之法，以“写”代绘；而非文人画派，即画家“北宗”，有李思训父子、赵干、赵伯驹、马远、夏圭，他们画山水用构研之法，精工而无逸趣。前者重于率意，强调自我表现，追求天真幽淡；后者巧于模拟，刻画细谨而无生机。①董其昌的“南北宗”说主张充分发挥了画家的主观能动性，追求画外之意，在模拟刻板画风滥行之时，如惊世响雷，对美术界产生很大的影响，尤其在士大夫与文人中引起强烈的共鸣，迅速风靡画坛。
万历二十二年（1594）起，董其昌任皇太子朱常洛的讲官，他尽量以“治国平天下”的道理去启发这位失宠的太子，结果受到皇妃郑贵妃的嫉恨，终①据汪砢玉：《珊瑚网·名画题跋》卷一《王维江山雪霁图》；董其昌：《容台集》。于“坐失执政意”①，于万历二十六年（1598）被排挤出京，调任湖广副使。董其昌深感宫中是非莫测，他索性告病不赴，请假养病松江。以后竟在松江一住就是六年。
由于身份的改变，那些家乡的胥吏再也不敢欺侮董其昌，而地方官吏与士绅则联袂登门拜访，前来巴结董其昌这位京官。他虽说不上踌躇满志，但既有官僚的身份，又有山林的逸致，环境清闲而舒适，这对书画创作自然是十分有利的。
董其昌常常和友人陈继儒泛舟春申之浦（即黄浦江），壶觞对引，吟咏诗章，“随风东西”②，时或即景乘兴，泼墨涂数幅山水；时或观赏名人法帖，题几行跋语，悠哉游哉，自得其乐。他还去宜兴、南京、无锡、苏州、扬州、嘉兴、杭州，徜徉于锦绣河山之中。太湖包孕吴越的气势，西湖晴雨奇好的秀色，枫泾渔舟隐入芦荻的逸趣，灵岩古刹晨钟暮鼓的幽情，无不使他陶醉、恋眷，启发着他的创作热情。
太湖和长江三角洲，不仅风光如画，而且含英蕴秀，文化素称发达，有许多书画收藏家和文物商人。董其昌除游山玩水外，还访问友人，品评字画，鉴赏真伪。秀水汪氏“韵石斋”琳琅满目的图籍法帖，檇李“天籁阁”驰名遐迩的珍秘妙绘；苏州王氏私蓄黄公望岚气清润的山水长卷，扬州吴氏庋藏赵孟頫端庄潇洒的碑拓墨迹，都使他赏心悦目，耽玩难舍。
在松江城内，董其昌筑“来仲楼”、“宝鼎斋”、“戏鸿堂”、“画禅室”、“香光室”等，牙签玉轴，左图右史，置身其中，著书立说，漫论古今书画艺术。他不遗余力地搜集王羲之、王献之、谢安、桓温、赵佶、米芾诸名家法书，于万历三十一年（03）刊刻《戏鸿堂法帖》行世。
