内班，也称征税科，专办海关内部事务，处理关税、船钞（吨税）的征收，及统计、报告、会计、庶务等关务。该科设有税务司、署税务司、副税务司、代理税务司、各等帮办、供事等职。
外班，又称稽查科、察验等，专任检查船舶、查验货物等事务，其地位不如内班。该科设有总巡、验货、铃字手等职。
海班，又称巡缉科，专任缉私。设管驾官、管驾副等职。
3.海政局。
海政局，又称“船钞项下”和海务部门。该系统隶属海关总税务司署直辖，由巡工、理船、灯塔、运输四科组成，主要工作为测绘及建立各种助航设备、改置浮桩、号船、塔表及料理灯事。由于海关在沿海沿江进行测绘，中国海防便无秘密可言。从助航设备的业务性质来说，它属交通范围，海关本无权过问。
巡工科，又称巡工总局。下设：（1）总务股，其职务先后设有巡工司（同治九年，1870年底裁撤）、各口巡工司、巡工司或海务巡工司。（2）江局职员，又称巡工江局，设有巡江工司等职务。（3）营造科，又称营造处或工程局人员，设有总营造司、营造司等职。
理船科，又称理船处，管理船只进出港口事务，其职权分为指泊、巡江、救火三项，负责人称理船厅，后称港务长。
灯塔科，又称灯塔处。设有巡灯司（又称灯塔巡视员）、主事人（又称船主或灯船船长）、值事人等职。
运输科，设有管驾官（又称舰长）、管驾等职。
4.其他。
海关行政系统还包括了同文馆和邮政局两个部门。
同文馆分京都同文馆和粤省同文馆。京都同文馆主持人为总教习和暂署总教习，下设格物、化学、天文、医学、法文、英文、俄文、东（日）文等教习。粤省同文馆设有英文、俄文等教习。
邮政局首脑称总邮政司、邮政局总办、邮政局副总办；各口海关所属邮政局设有邮政司、副邮政司、邮政局司事等职务。
京师同文馆于光绪二十七年（1901）并入京师大学堂，此后与海关脱离。广东的同文馆后来并入两广游学预备科。至此，海关的“教育”部门才告撤销。海关邮政总局于宣统二年（1910）改归清廷邮传部直辖。
第二节近代关税制度《南京条约》与关税自主权的丧失鸦片战争以前，中国享有完全的关税自主权。海关征收货税与船钞两项正税。清代海关货税，基本上是从量税；船钞按照船只体积大小分等征课。额定正税之外，还有“缴送”、“归公”、“行用”等项附加的征课。正税较轻，但附加征课有时数倍于正额。这种封建性关税，实际上与闭关政策下的限制贸易不能分开，多少束缚了国内商品流通和对外贸易的发展。西方商人不断向中国当局提出“布价较贱，及税高之货不来，辄图减其额税”一类的要求①，并积极从事走私贸易。
鸦片战争后，中国开始丧失了关税自主权。《南京条约》规定：英国商人“应纳进口出口货税饷费，均宜秉公议定则例”②。这项规定，开了协定关税的恶例。道光二十四年（1844），中美《望厦条约》进一步加强协定关税权，规定“中国日后欲将税例更变，须与合众国领事等官议允”③。同年，中法《黄埔条约》亦规定：“如将来改变则例，应与佛兰西会同议允后，方可酌改”④。根据这些条约和片面最惠国待遇规定，从此中国失去了自主调整税率的权利。
道光二十三年八月十五日（1843年10月8日）中英《虎门条约》签订，并附有《海关税则》⑤。这个税则是璞鼎查委派英国怡和洋行职员罗伯聃（）拟定的。璞鼎查非常满意，认为这个税则“竟比商人们本身所敢于提出的，还要更加有力一些”⑥。
《海关税则》分为出口和进口两大类，前者包括61种货物，后者包括48种货物。为了征收时方便，这些列入税则的商品基本采用从量税率。绝大部分出口货及进口货的税率，都比鸦片战争前大为降低。
