第三，进一步详订各项海关管理章程及关税细则。咸丰十一年（1861），赫德在京期间，向奕递交了有关这方面内容的清单七件、禀呈二件。赫德对各海关可征税款数额及海关行政费用提出了新的计划，创立了由总税务司向总理衙门直接呈报《海关收支各数清折》的制度，还主持制定了各所设新关外国商船完纳税钞章程。从而，使得帮办税务更加具体化、制度化。与此同时，赫德还出面与清廷订立《长江各口通商暂行章程》（十二款）及《通商各口通共章程》（五款）。同治元年（1862），又与湖广总督官文新修订《长江通共章程》（十三款）。此外，赫德还主持制订《子口税章程》、《沿岸贸易法》等税收细则。通过赫德的努力，列强在第二次鸦片战争中所攫取到的种种特权得以迅速兑现。
赫德代理总税务司两年多时间内，使“帮办税务”制度进一步确立，并得以真正的推行和巩固，“虽然赫德不是中国（半殖民地）海关的首创人，但是他却是一个实际的建立者”①。
2.赫德正式接任总税务司职务与半殖民地中国海关行政制度的继续扩展与完善。
同治二年十月五日（1863年11月15日），奕借阿思本舰队事件撤去了李泰国总税务司一职。赫德被任命为近代中国海关第二任总税务司。此后，赫德更加放手地采取了一系列措施，进一步完善了半殖民地海关制度。同治三年（1864），赫德制订和颁布了《通商各口募用外国人帮办税务章程》和《关于外人管理下的中国海关组织的备忘录》等文件，明文规定各关洋员的任免、升降、调动、奖惩等均由总税务司作主，总税务司署及下辖各税务司署是海关划一的行政管理机构，这样便进一步剥夺了清廷海关监督的权力，把海关的行政和用人大权集中到总税务司手中。为了缓和西方各国对中国海关权力的争夺，赫德在确保英国优势地位的前提下，注意邀请与中国有通商关系的国家派人参加海关工作，使中国海关具有“国际性”。
同治六年（1867），赫德制订《引水章程》，把引水监督权明文划归海关。同治七年，又制订《会讯章程》，把领事裁判权引伸到海关案件的审理中。光绪七年（1881），赫德颁布一项海关条约，规定海关洋员享有治外法权。
赫德不断扩展海关行政机构，使之规模日益扩大。同治七年（1868），在总税务司署中设海政局（MarineDepartment，亦称“船钞项下”部门），把非海关业务的海务、港务并入了海关；同治十二年（1873）设总司署上海①《海关文件汇编》卷7，第379页。
