光绪十年（1884）当法国侵略者将战火由越南引向中国边界时，李鸿章为加强边防，奏调吴长庆率兵三营驻防奉天金州，其余三营留驻汉城，由记名提督吴兆有统带，命袁世凯总理营务处，会办朝鲜防务。由此袁在朝鲜成为一个握有军事实力的人物。十月，朝鲜以金玉均为首的开化党在日本配合下发动政变，迫李熙改组了政府。袁世凯果决地说服吴兆有统兵击退日军，赶走亲日派。此次胜利大大助长了袁的政治野心，他自作主张，搬进王宫，以监国大员自居。由于吴兆有反对其企图独掌军权，揭发其挪用军饷等罪状，加之日本扬言要清军从朝鲜撤退，袁心灰意冷，于光绪十年十二月（1885年1月）请假回国，返回原籍。
为了进一步控制朝鲜，李鸿章采取了两项具体措施，一是释放被软禁在保定的李昰应回朝，利用其影响和力量抵制闵妃集团依赖俄国的倾向；二是以袁世凯接替驻朝商务委员陈树棠的职务。光绪十一年九月李鸿章奏准袁世凯为驻扎朝鲜总理交涉通商大臣，以提高其地位，使其参与外交事务。并以知府分发，补缺后以道员升用，赏加三品衔。从此，他开始崭露头角，成为中外所知的人物。
清皇朝对朝鲜本来只有宗主之名，而无其实。而袁世凯自抵新任后，为维护“上国”尊严和“属邦体制”，时时摆出监国大员的架势，专横武断，盛气凌人，事事插手，并于光绪十二年（1886）两电李鸿章，请废黜李熙，另立新君。袁世凯的行为促使朝鲜宫廷产生更大的离心倾向，严重损害了中朝关系。
日本自确定霸占朝鲜，进而侵略中国的大陆政策后，一直积极进行备战和煽惑发动侵略战争。袁世凯起初对日防制甚力，但后来即为盲目乐观、麻痹轻敌思想所支配，对日本的动向懵无所知。
光绪二十年二月（1894年3月），朝鲜东学党起义爆发。四月，朝鲜政府请求中国派兵助剿。袁大力支持，屡电李鸿章出兵，且云日本并无出兵之意，接着又将军机泄漏给日本。当日本出兵朝鲜后，袁仍对形势的危机无所认识，一心想着镇压起义。直至日本大兵压境，始请求增兵备战。五月下旬，战争一触即发，袁为脱离险境，再三电李请求回国。经清廷批准，袁于六月十七日（7月19日）改装易服偷偷回到国内。
第二节小站练兵中日甲午战争爆发后，李鸿章奏派袁世凯仍任总理交涉通商大臣兼办辑抚事宜，令其驰赴平壤一带联络官军，协筹粮运。袁对这场战争毫无信心，始终主张议和，一闻败讯，立即逃窜。清军的屡次败北，彻底暴露出旧有军队的腐朽，朝野上下群起呼吁必须改革旧军，建立新军。基于这种形势，袁世凯也向盛宣怀建议改革军制，募练新军，并毛遂自荐要当监督。光绪二十一年又上书军机大臣李鸿藻，提出同样意见。六月十二日（8月2日）袁被召见，奉派督办军务处差委。他用钻营请托等手段，并拟订新军营制饷章和聘请外**官合同，请人译撰兵书，博得知兵之名，终于受到权贵荣禄等的激赏，十月二十二日（12月8日）获得到天津小站督练新建陆军的权柄。十一月初一日（12月日），袁世凯至小站接管原定武军4000余人，旋派人选募2000余人，全军共7000人。军队设督练处，袁自领督练官。新建陆军采取德国和日本建制，营制分左右两翼，每翼分统步、炮、马、工程、辎重各兵种；教官多自德国聘任，新式武器多从德国购置，全军一律习洋操，实开中国陆军近代化的先河。袁世凯在军队中大树特树个人绝对权威，通过官禄利诱，严刑峻法，以及灌输封建伦理、升官发财、宿命论等反动思想，很快培植起一批亲信死党，把军队训练成带有浓烈人身依附性质的武装。由于袁世凯作风跋扈，嗜杀擅权，营私受贿，光绪二十二年（1896年），御史胡景桂对其进行参劾。查办此案的荣禄极力包庇袁世凯，使其度过了难关。经此事，袁越发投靠荣禄，依荣而自固。
