其次，漕船的修造，也是清朝廷的沉重负担。如前所述，清代漕船常年在六千艘之上。原来规定，每年修造十分之一，谓之“岁造”。修船所用价银，按地方之远近，时间之久暂为差。费用来源，起初于民地征十分之七，于军地征十分之三，备给料价。如不足，则征军卫丁田以贴造漕船。十年限满，由总漕亲验，实系不堪出运，方得改造新船，或者准许旧船在通州售卖。漕船大部分在清江关成造，“自仪征逆流抵淮，四百余里，沿途需用人夫挽曳，船成后复渡大江，道经千里，到次迟延”。实在是劳民伤财。负责修船的官吏，“或诈朽坏，或修造未竣诈称已完，或将朽坏船册报掩饰，或承造推诿不依限竣工”，弄虚作假，从中取利。本来，漕船长年航行，不免有遭风沉溺之事，而运丁因贪图私利，多携土宜，揽载客货，夹带愈多，漕船难承重荷，损坏更快，故而三年小修，五年大修，十年折造，非常频繁。另外，运河南北水势相差甚大，如果船身过大，掉挽困难，清政府曾规定酌量减小漕船尺寸，但江苏、广东两省漕船，因运丁贪图夹带，务求广大船身，结果，“载重则行迟，行迟则雍塞，民船被阻，甚有相去数丈守候旬日者”①。“漕船建造修葺，其费有经常，有额外”，嘉庆十七年，以浙省承造漕船赔累日甚，清政府决定每船除例给二百零八两外，复给银五百九十余两。以此可见清王朝为了维持这么一支庞大的漕运船队，仅修船一项，就要“年糜国帑数十百万”①。
再次，漕船在航运沿途受到的各种苛索，是清漕难以克服的痼症。漕运“沿途有总押、分押，及漕委、督委、抚委、河委等官，陋规馈送，以及行河有量水之费，湖口有放水之费，淮上盘粮有兵胥比对之费，通州卸米有经纪验收之费，又过坝过闸，在在需索，奸徒放帐，被诱百端”。于是，“帮丁等无计补累，势必满揽客货，致误程期。甚且挟制州县，勒增兑费”。而①《清史稿》卷122《食货·漕运》。
①《清史稿》卷122《食货·漕运》。
地方官吏则“苛取病民，任意朘削”②。
漕船自南方而来，过淮是一大关。雍正时，粮船过淮的陋规，已经是“一帮费至三四百金者”，清廷虽然命令淮安的漕运官司，严饬属下，不许“向旗丁额外需索”，除了夹带私盐及违禁物品以外，“不得过于吹求，以致粮运迟滞”③，但并不见效。在清代漕运中，所谓“过淮之费”，有增无减，成为一大难关。
漕船渡黄河，又是一关。由于“汎地弁员不顾风色水势，混行催趱”，粮船渡黄之后，到白洋河及台庄八闸，由于逆流水急，必须添雇人夫，于是“弁兵串同人夫勒索”④。尤其是承担漕运主要任务的江浙粮船，路远迢迢，由镇江出口时，竖起桅篷，就受到催漕官员以查看为名的“借端需索”，加上过淮、过黄、抵津、抵通，关关受欺，层层盘剥，更是惨苦。
各省粮船北上，每遇过闸过坝，以及急溜浅阻的河段，必须用人力挽拽。沿河兵丁经常把持包雇，他们或者以老弱充数，或者横索雇值，“借端抑勒”，使运丁“深为苦累”。清廷曾规定粮船“雇募纤夫，听运弁自为酌办”①。而且对于由天津转卫的河段，由每一州县常设夫头十余名。从山东韩庄以南，由于闸多水溜，需夫较多，令山东巡抚分三段，每段设夫五百名，随时受雇，“事竣仍令归农”。至于江南、江西两省，漕船一入瓜仪，即需添备短纤，常设五百至八百名，每夫五十名，设夫头一名，“选派土著民人充当”，并且“给与执照”，即使“散夫亦给与腰牌，随时查验”，“遇有面生可疑者，即令撵逐”②。清廷的规定如此细密，可见沿河雇纤的漏洞之大。
漕船抵通州，终于完成运输任务，然而最后的种种勒索也在这里发生。
