十三行的职权和性质根据广东巡抚李士桢“分别住行货税”的文告，初期广东行商制度的主要内容和特点有三：其一，充当经营对外贸易的洋行商人要身家殷实，而又以自愿承充为条件。承商的办法，是经商人自愿呈明广东地方官府批准，并领取官府发给的行帖，方能开业。其二，在广州和佛山原来经营商业的“商民牙行人等”，有自愿转业承充洋商的，可以自由选择，“或呈明地方官承充，或改换招牌”。其三，洋货行商人对粤海关承担的义务，是负责把外洋进出口货税在洋船出口时亲自赴海关缴纳。禁止税收人员从中勒索。
康熙五十九年（1720），行商发展到十六家。他们为统一贸易规程，减少内部竞争和限制行外散商，在广东官府支持下，成立了垄断性的“公行”，它具有行会的性质。公行成立时有隆重的仪式，众商啜血盟誓，并订立行规十三条。这些行规主要有：外船专择某行商交易时，该行商只能承受此船货物的一半，其余一半归其他行商摊分，违者罚；行商中对公行负责最重要的头等行，可在外洋贸易中占一全股，二等行占半股，其余占四分之一股；新入公行者应纳银一千两，作为公共开支经费，并列入三等行内；除极少数手工业品如扇、漆器、刺绣、图画等许行外商人贩卖外，其余商品的进出口买卖归公行独揽。这时候的公行组织还是相当松散的，既没有共同的领袖，在实际行动上也未采取统一步骤。公行还未得到政府的正式批准。外商多次要求取消公行，并以停止贸易相要挟。公行因而时存时散。但公行的存散，并不影响十三行的继续存在。公行成立时虽未能得到正式批准，广东官府对公行还是支持的。粤海关监督命令，除几种商品在行商加保条件下（交货价百分之三十左右与公行），允许行外散商与外商交易外，其他商品仍然完全归行商垄断经营，一切进出口税饷仍然由行商负责缴纳。行商一方面垄断广州进出口业务，进口货物由其承销，内地出口货物由其代购，并且负责划定进出口货物的价格及向海关保证缴纳进出口关税，即所谓“承保税饷”。所以行商又称为“保商”。开始，“保商”只是保证向海关缴纳他所接纳的外商应付的进出口货税；以后，由于行商中有一些“资本微薄、纳课不前者”，于是从乾隆十年（1745）起，在行商中选择殷实之人作为“保商”，令其统纳入口税款。乾隆十九年（1754），清政府更令以后凡外船之船税、出口货税、贡银，清廷搜罗之珍品（采办官用品物），俱由行商一二人负责保证。并规定不但外商拖欠税款，由行商负连带责任，而且十三行内有一行倒闭，各行要负责分摊清偿债务。这就形成了“保商制度”。
乾隆二十年，清廷又重申行商承揽茶叶、生丝、布匹、绸缎、糖、大黄、白铅等大宗出口货的贸易，只有扇、刺绣、皮靴、瓷器、牙雕等八种手工业品允许行外散商、铺商在行商加保的条件下与外商交易，违禁则要受到惩罚。这就进一步加强了十三行对外贸易的垄断。
从雍正年间开始，以英国为首的西方殖民者在我国沿海大肆活动，与沿海奸商相勾结，使清朝统治者深感不安。在乾隆二十二年，清廷重新实行严格限制对外贸易的闭关政策，封闭了江、浙、闽海关，只留粤海关一口通商。广州成了全国唯一通商口岸，广州十三行也就一跃而为垄断全国对外贸易的组织了。
