第二次变法公元前350年，商鞅进行了第二次变法。这次变法是进一步从经济和政治上进行改革，目的在于进一步谋求富国强兵。主要有下列五点：1.废除井田制，“开阡陌封疆”。《史记·商君列传》说商鞅“为田开阡陌封疆而赋税平。”“开”就是开拓的意思。《战国策·秦策三》载蔡泽的话说：商君“决裂阡陌，教民耕战”。“决裂”的目的是为废除井田制，董仲舒曾指出：商鞅“改帝王之制，除井田，民得买卖。”①商鞅这次对土地制度的改革，一方面用法令形式废除了井田制，就是所谓“坏井田，开阡陌”；另一方面是重新设置了新的阡陌封疆，用法令形式保护了封建土地所有制，所以后世人说商鞅“灭庐井而置阡陌”②。《秦律》严禁对土地权的侵犯。云梦秦简《法律问答》有一条律文：“盗徙封，赎耐。”就是把私自移动田界看作“盗”的行为，要判处耐刑（剃去鬓发），但允许出钱赎罪。接着又对律文解释说：“何知为封？封即田阡陌、顷畔封也，是非而盗徙之，赎耐。何重也？是不重。”说明田界不准“盗徙之”，这是对土地权的侵犯，应该判处耐刑，并认为这种刑罚“不重”。
2.推行县制。把许多乡、邑、聚（村落）合并为县，建置了四十一个县①，设县令、县丞等官，还设有县尉②。县令是县之长，县丞掌管民政，县尉掌管军事。公元前349年，“初为县，有秩史”③，就是在县官之下，开始设置有①《汉书·食货志上》。
②《汉书·王莽传》载区博说：“井田虽圣王法，其废久矣。周道既衰，而民不从。秦知顺民之心，可以获大利也，故灭庐井而置阡陌，遂王诸夏。”杜佑《通典·食货典序》也说：商鞅“隳经界，立阡陌”。①《史记·商君列传》，又《秦本纪》均作四十一县。《六国年表》作三十一县。②《商君书·境内》。
③《史记·六国年表》。
定额俸禄的小吏。县制的普遍推行，是为了把全国政权、兵权集中到朝廷，建立君主**的统一的封建政治体制，以便于巩固封建统治，发展地主经济。3.迁都咸阳，修建宫殿。这时秦国为了争取中原，图谋向东发展势力，把国都从雍迁到咸阳。咸阳位于秦国的中心地点，靠近渭河，附近物产丰富，交通便利。而旧都雍，旧贵族的习惯势力较大，不利于变法的开展。同时仿效中原各国国都的规模，修建冀阙（古时宫廷门外的一种高建筑，用以悬示教令）与宫殿。
4.统一度量衡，“平斗桶（斛）、权衡、丈尺”。这对秦国统一赋税制度、俸禄制度，都有一定作用。传世有已颁布的商鞅方升（现藏上海博物馆）。这件珍贵的文物，应是商鞅为统一度量衡而作的标准量器。
5.革除残留的戎狄风俗，禁止父子兄弟同室居住。秦国的西南和西北都是少数族，秦国统一了许多少数族地区，因而在秦国戎狄风俗较多。商鞅依照中原的风尚、习俗，革除残留的戎狄风俗，这对秦国的富强是有好处的。公元前340年，商鞅计擒魏将公子卬，大破魏军，迫使魏国交还一部分过去夺去的西河地。商鞅由于这个大功，受封于於商（今陕西省商县东南）十五个邑，号为商君。
