力主抗曹建安五年（200）四月，孙策被杀，其弟孙权继位。当时江东的孙氏政权只是初具规模，并不巩固：外有强敌曹操、刘表；境内的一些纵深之地还有很多小股的割据势力，统治营垒中不少人左瞻右顾，“以安危去就为意，未有君臣之固”（《三国志·吴书·吴主权传》），形势紧迫，人心惶惶。这种局面直到周瑜率领大军从巴丘赶来才有改观。周瑜和张昭主动把一些琐碎的行政事物分管起来，全力支持和辅佐孙权，迅速安定了江东的局势。周瑜亲自出面挽留准备北行的鲁肃，把这位一直没有得到孙策重用的政治人才推荐给孙权。后来，鲁肃成了江东政治舞台上极为活跃的政治家。
官渡之战后，北方地区的政局发生重大变化。兵多地广的袁绍被曹操打败后病死，两个儿子相互攻杀，力量削弱。曹操兵威大盛，实力日增，开始雄踞中原。曹操为试探江东的虚实，于建安七年（202）派人下书要孙权送人质给他。孙权召集臣下商讨解决办法。面对曹操的讹诈，许多人犹豫不决。周瑜坚决反对向曹操屈服。他认为，江东自然环境优越，交通便利，兵精粮多，具备割据条件，完全不应该向曹操低头。送去人质反而会陷入被动，受到曹操的钳制。周瑜的意见得到了孙权母子的一致赞同。孙权的母亲还嘱咐儿子要像对待兄长一样的尊重周瑜。
从建安五年（200）开始，周瑜一直坐镇吴郡，为孙权出谋划策，平乱讨叛。其间，为安定内部，周瑜曾多次带兵镇压山越的反抗。建安十一年（206），周瑜亲自督讨麻、保二屯的少数民族。这次战争十分残酷，周瑜将俘获的部落首领一律枭首示众，同时还把一万多人强徙到江东政权的腹心地区。
留吴期间，周瑜曾多次奉命进攻刘表。孙权与刘表誓不两立，一是因刘表占据的荆州与扬州毗邻，属于江东政权向西开拓的对象；二是因孙权的父亲孙坚死在刘表的部将黄祖手里，双方有世仇。孙权继承孙策的政策，不断地西进，其主帅常由周瑜担任。
建安十三年（208）初，周瑜向孙权举荐刘表的降将甘宁。孙权接受甘宁的建议，亲自统兵进攻屯军夏口（今湖北汉口）的黄祖。周瑜被委派为前部大部督。两军进行了一场激烈的水战，江东军队终于攻陷夏口，杀死黄祖。消灭黄祖，为孙权夺取荆州扫清了道路。
这一时期，北方的曹操已经彻底消灭了袁氏的残余力量，并打败了三郡乌桓。他把被乌桓俘获的汉人十余万户和幽州、并州的乌桓三万余落迁入塞内，基本统一了北方。曹操雄心勃勃，企图乘胜南进完成统一的大业。这年七月，曹操亲率大军进攻刘表，准备夺取荆州。曹军未到，刘表先期病死，其子刘琮不战而降。刘琮投降，事先没有通知住在樊城的刘备。刘备寡不敌众，不敢迎战，只好一路南退，狼狈地逃到夏口。
曹军南下荆州，给江东政权造成严重威胁。特别是曹操得到荆州的大批水师战船，又据有粮食武器储备丰足的江陵（今湖北江陵），更使江东朝廷上下十分不安。九月，孙权亲临荆州前线。刘备的谋臣诸葛亮也赶到柴桑（今江西九江西南）拜谒孙权，极力劝说孙权、刘备两家联合破曹；同时孙权收到曹操的书信，信中威胁说，准备以八十万水军与孙权决一死战。事态严重，江东上下十分惊恐。张昭等人被曹军的气势吓破了胆。他们认为，曹军力量强大，并以汉相的名义，打着皇帝的旗号征讨四方。抗击曹军，在名义上便很被动。况且江东的优势在于凭借长江天堑，曹操得到荆州，收降刘表的水军，获取大量的战船，天险成为双方共有的东西。实力悬殊，江东只有迎降曹操才是出路。
