窟咄带领着一部分独孤部人马进犯拓跋魏的南境。窟咄的出现，引起联盟内部骚动。莫那娄族首领莫题送箭给窟咄表示效忠。勿忸于族首领于桓与部人策划活捉拓跋圭以应窟咄。为了最终消灭窟咄，拓跋圭在安定了内部之后，带领联盟各部穿越阴山，迂回到贺兰部那里，避免与来势汹汹的独孤部人马立即交锋。同时他命人去后燕请求救援。
后燕是淝水战后鲜卑慕容部人建立的政权。这时统治的区域主要是幽、冀、平三州，其都城设在中山（今定县）。386年，后燕国主慕容垂称帝。在拓跋圭和窟咄的角逐中，慕容垂坚决支持拓跋圭。第一、拓跋圭与慕容垂有亲缘关系（拓跋圭的祖母即是慕容垂的姑母），感情上比较亲近些。第二、窟咄是依附西燕的。西燕国主慕容永是原前燕王的支属。慕容永占据长子后，无意东归，下令诛杀慕容垂弟兄子孙，称帝改元建立政权，与后燕遂为雠仇敌国。
慕容垂派其子慕容麟统帅步骑六千余人援助拓跋圭。由于燕魏的通道已被独孤部封锁，拓跋部得不到救兵的消息。贺讷的弟弟贺染干勾结窟咄，率领一部分族人从北方攻击拓跋部。在南北夹击之下，联盟各部惊骇不定。北部大人叔孙普洛与一部分乌桓人亡奔铁弗部。慕容麟闻讯，急忙派人冒险赶到联盟报信，各部人心才安定下来。
十月，拓跋圭从弩山返师牛川。他和慕容麟分兵合击驻扎在高柳（今阳高）的窟咄。双方在高柳激战，高柳一役改变了拓跋圭的被动局面，窟咄几乎全军覆没。窟咄逃到铁弗部，被刘卫辰杀死。
窟咄的失败造成独孤部内讧，刘显同几个兄弟发生火并。拓跋圭听从谋主张兗的意见，乘独孤部内乱，联合燕军，准备彻底击溃刘显。
登国二年（387）七月，刘显抢走了铁弗部献给慕容垂的大批良马。慕容垂大怒，派慕容楷、慕容麟二支大军进击刘显。独孤部在马邑被燕魏联军打得大败，向南溃散到弥泽，又为重兵包围。刘显丢下部众，西奔慕容永。独孤部部众悉为魏燕所获，各类牲畜数万头也尽归联军。
击破窟咄和刘显，对于拓跋圭来说是决定命运的两次战争。首先，这使得新建的联盟避免了覆亡的危险。从此，拓跋圭不但在云中站稳了脚根，而且将活动范围向南推进到了雁门、代郡一带。其次，两次战争都虏获大量人口、牲畜和财物。拓跋圭实行按战功分赏战利品的制度，促进了联盟各部畜牧业和奴隶制因素的发展，有效地抵御了联盟组织内部的离心势力。战争加强了维护王权的力量，拓跋圭的个人权力得到了巩固。
从登国三年（388）到登国九年（394），拓跋部落联盟逐渐形成一个坚强的好战集团。六年间，它不停顿地向四周各部落进行战争，先后征服或者击溃了阿拉木伦河一带的鲜卑宇文种的库莫奚部、嫩江流域的解如部、漠北的高车诸部、意辛山以北的叱突邻部、纥奚部、西方的柔然、西南的铁弗以及毗邻的贺兰部①等等。这些征服战争为拓跋圭将来进击中原提供了物质基础和人力资源，也减少了他的后顾之忧。登国六年（391）打散铁弗部是上述战争中最著名的一次。
