裴松之的“论辩”包括对某些史实、陈寿的《三国志》及诸家史的考辨和评论。裴松之于补充史实的同时，常有对历史人物和历史事件的评论。如《关羽传》中有关羽投奔刘备，曹操禁部下追杀的记载。裴松之评论说：“松之以为曹公知羽不留而心嘉其志，去不遣追以成其义，自非有王霸之度，孰能至此乎？”裴松之对张昭劝孙权降曹一事的评论，也与一般学者看法不同。他认为：“若使昭议获从，则**为一，岂有兵连祸结，遂为战国之梦哉！虽无功于孙氏，有大当于天下矣。”这里体现了裴松之反对分裂、渴望统一的思想。裴松之在肯定陈书的同时，也批评了陈寿的“小失”。这种“小失”有属于记事不当的。如对官渡之战记“兵不满万”文，评论说：“将记述者欲以少见奇，非其实录也。”《鲁肃传》和《诸葛亮传》关于孙吴合力抗曹的记载互相矛盾，前者称“皆肃之本谋”，后者讲“此计始出于亮。”裴松之批评说：“若二国史官各记所闻，竟欲称扬本国容美，各取其功。今此二书同出一人，而舛互若此，非载述之体也。”有的“小失”属于编撰问题。如裴松之反对陈寿将贾诩与荀彧、荀攸合传，认为“列传之体，以事类相从魏氏如贾诩之俦，其比幸多，诩不编程郭之篇，而与二荀并列，失其类矣。”他还认为董允应附于其父董和传后，不应当分别立传。裴松之对陈寿的某些评论也有不同意见。如陈寿把袁术的失败归为奢淫放肆，裴松之批评他没有抓着事情的要害，认为“妄自尊立”是袁术灭亡的关键。裴松之除批评陈寿的论点不当外，还对他的遣词用字有所指责。裴松之在引述其他史家的著述时也对他们进行评论。在《高贵乡公纪》注中，裴松之对晋代的几位史家张⒂蒌摺⒐涞热朔直鸾辛似缆邸Ｋ衔怒的《后汉纪》“虽似未成，辞藻可观”，虞溥的《江表传》“粗有条贯”，唯对郭颁的《魏晋世语》嗤之以鼻，说它“最为鄙劣”。他还说张骘的《文士传》“虚伪妄作”，乐资的《山阳公载记》“秽杂虚谬”。这些评价是裴松之根据诸家史的叙事水平和议论能力得出的。
除了补阙、备异、惩妄、论辩四个方面之外，裴注也包括一般注书的内容，即文学的训诂、名物的铨释、书稿的校勘等方面的注文。如解释《文帝纪》中的“款塞内附”说：“款，叩也，皆叩塞门来服从。”对《孙权传》中的“鄱阳言白虎仁”，解释说：“白虎仁者，王者不暴虐则仁虎不害也。”对于《徐晃传》中“今假臣精兵”，校勘说：“案晃于时未应称臣，传写者误也。”属于注释名物的有《齐王芳纪》注中引述《异物志》、《傅子》、《搜神记》等书解释“火浣布”，《诸葛亮传》注中引《魏氏春秋》解释“连弩”等。此外，裴注还有注释地理、典故的内容。
《三国志注》的价值与不足在中国史学史上，裴松之的《三国志注》占有特殊的地位。宋文帝对裴注的赞扬并非溢美之词，从广辑资料，为三国时期的历史保存大量珍贵生动史实的意义来看，《三国志注》的功绩确实是不朽的。裴松之所引用的魏晋人的著作多至二百一十余种，除去诠解文字及评论方面的书籍，尚有一百五十多种。这些书籍收入到《隋书·经籍志》中的不过四分之三，到唐、宋以后，则十不存一了。裴注所征引的材料不但面广，而且首尾完整，不似其他引书那样割裂翦裁，断章取义，尤为重要的是裴注还保存一些亲身见闻的资料。如《齐王芳纪》注引《搜神记》载魏明帝“诏三公曰：先帝昔著《典论》，不朽之格言，其刊石于庙门之外及太学，与石经并，以永示来世。”裴氏说：“松之昔从征西至洛阳，历观旧物，见《典论》石在太学者尚存，而庙门外无之，问诸长老，云：晋初受禅，即用魏庙，移此石于太学，非两处也。”正因为这些原因，《三国志》的注文同正文具有同样重要的史料价值。
