家谈王伯，不说萧何、张良，只说王猛；不说孔孟，只说文中子，可畏！可畏！”又说：“江西之学只是禅，浙学却专是功利。禅学，后来学者摸索一上，无可摸索，自会转去。若功利，则学者习之，便可见效，此意甚可忧。”①把浙学作为主要靶子来批判，甚至把浙学放在禅学之上，来攻击，可以看出朱熹思想实质。
此外，还继续与陆九渊辩“太极”、“无极”诸问题等。
在这一阶段，朱熹写成《易学启蒙》、《周易本义》；修订刊刻《诗集传》。特别是在淳熙十六年（1189），序定《四书集注》，次年，刊刻于漳州，这标志着朱学思想体系的成熟。
淳熙十四年（1187）朱熹58岁，除江南西路提提点刑狱公事。
淳熙十五年朱熹上封事，奏事延和殿，说，今日之“大本”，在正皇帝之心。天下有“急务”者六：即辅翼太子，选任大臣，振举纲纪，变化风俗，爱养民力，修明军政。次日，除主管太一宫，兼崇政殿说书，朱熹力辞，除秘阁修撰，奉外祠。
淳熙十六年（1189）八月，朱熹除江南东路转运副使，以疾辞，十一月除知漳州。次年即光宗绍熙元年（1190），至漳州。在漳州任上奏除无名之赋700万，减经总制钱400万。他欲方量土地，行经界法，为土豪及在朝权势者所沮。后以子丧，请祠。绍熙四年（1193）知潭州，兼荆湖南路安抚使。绍熙五年四月，去长沙上任。在任数月用镇压安抚手段，平息少数民族起义。重建岳麓书院，明教化，四方学者毕至。在抑豪民，严武备诸多方面有政绩。三、从宁宗庆元元年（1195）至六年（1200）朱熹去世，朱学进一步完善，同时朱学内又孕育嬗变的因素。
宁宗即位，除朱熹焕章阁待制、侍讲。但朱熹在朝不过46日，即被排挤出朝。朱熹回建阳，建竹林精舍，后改名沧州精舍，继续他的讲学与著述事业。
庆元二年，韩侂胄禁理学，沈继祖指控朱熹十罪。庆元党禁，立《伪学逆党籍），籍“伪学”赵汝愚、朱熹、吕祖泰、蔡元定等59人。朱熹的门人“从游之士，特立不顾者，屏伏丘壑；依阿巽懦者，更名他师，过门不入，甚至变易衣冠，狎游市肆，以自别其非党。而（朱）熹日与诸生讲学不休。或劝以谢谴生徒者，笑而不答”①。在学术上他写成《楚辞集注》、《仪礼经传通解》、《韩文考异》以及《周易参同契考异》；修改整理《资治通鉴纲目》等。所有这些，都标志朱熹学术进一步深化，但朱学在文献学上注意训诂章句以及博采的特点也显示出来了。
庆元六年（1200）三月初九，这位一代学术大师在凄凉中辞世。临终前还在修改《大学·诚意章》。尽管朝中禁道学很严厉，但一些门人学者，还是不顾禁忌，奔赴建阳。十一月，蔡沈、黄榦主丧葬事，参加会葬者近千人。朱熹力图使经学、史学、子学及文学融入理学中去，而且他也确实建立了一个宏大的学术体系，缕析理学的渊源及传授学脉。朱熹是理学的集大成者。后人编纂的有《朱子语类》、《朱文公文集》。庆元党禁解除后，朱学地位不断上升。经真德秀、魏了翁的努力，朱学终于上升到统治的地位。陈淳、黄榦、蔡元定等门人，护师门，在一些方面发展了朱熹的学术。由黄榦①《朱子语类》卷123。
①《宋史》卷429《朱熹传》。
而金华四先生（即何基、王柏、金履祥、许谦）及黄震，在闽、浙、赣一带，传播朱学、修正朱学、发展朱学。到了南宋末期，朱陆水火，朱陆合流，又相互出入，其弊，则是陆学流于禅，而朱学流于训诂。
朱熹的天理论朱熹继承、发展了程颐的天理论，并且构成一个完整的唯心主义的哲学体系。《朱子语类》卷一开篇集中表述了朱熹对理的看法，他说：未有天地之先，毕竟也只是理。有此理，便有此天地；若无此理，便亦无天地，无人无物，都无该载了。有理，便有气流行，发育万物。
天下未有无理之气，亦未有无气之理。
