著名汉学家那珂通世（1851—1908）是日本蒙元史研究的开山祖师。其友人三宅米吉也是中国史专家，通晓多种西方语文，1886年赴美、英考察，带回很多西方书籍，对他们共同创建日本的新“东洋史学”起了重要作用。1896年那珂出任东京大学文科大学讲师，主要研究兴趣转向蒙古史。文廷式访日，与那珂及另一位著名汉学家内藤虎次郎（1866—1934）结识，应内藤之求于归国后将一部《元朗秘史》（顾广圻抄本之转抄本）寄赠之。1901年那珂得到此书，用数年之功据汉字音写之蒙文原文译为日文，并利用大量汉文和外文史料（主要从洪钧《元史译文证补》及多桑《蒙古史》转引）加以详细注释，1907年以《成吉思汗实录》书名出版。其译文较准确，注释中对名物制度、事件多有精辟考证，成为日本蒙元史的奠基性名著。《那珂通世遗书》还收入了他的其他蒙元史著述。
内藤虎次郎的研究领域很广，成就卓著。元史方面的著述有《蒙文元朝秘史》（目睹书谭，1902）、《蒙古开国之传说》（1913）、《宪台通纪考证》（1917）、《地理学家朱思本》（1920）、《元末四大画家》（1920）等篇（参见山根幸夫、大岛立子编《元代史研究文献目录1900—1970》。以下所列日本学者著述皆见此书及野泽佳美的续编：1971—1988，不一一注出发表期刊名和出版社名）。
白鸟库吉（1865—1942）毕业于东京大学史学科，后一直在该校任教授。1899年出席在罗马召开的国际东方学家大会，提出著名论文《匈奴、东胡民族考》。后两度赴欧研究并搜集图书资料。1905年创立“亚细亚学会”（后改名东洋协会学术调查部），1909年出版刊物（寻定名《东洋学报》）。1908年组织了满铁历史研究部，重点研究朝鲜、满洲历史地理。他本人的研究领域是东北亚、蒙古和西域诸族历史、语言和文化，著述上百种。丰富的研究成果和积极的组织工作使他成为日本“东洋史”学界的领导人物。其与蒙元史有关的著述主要有：《蒙古民族的起源》（1907。此文中改变原来主张的匈奴为突厥说而提出匈奴为蒙古说）、《室韦考》（19）、《释中所见之蒙古语》（1929）等。他以多年之功完成的《音译蒙文元朝秘史》在1943年出版。后人编辑了他的《全集》。
继那珂之后，专事蒙元史研究、成就最著者是箭内亘（1875—1926）。
他毕业于东京大学史学科，继入大学院深造，1908年加入白鸟领导的满铁历史研究部，到中国东北进行实地考察和搜集资料。1914年起在东京大学任讲师、教授。重点研究蒙元制度及历史地理，主要论文有《满洲之元代疆域》（1913）、《元朝怯薛考》、《元代社会之三阶级》（19）、《蒙古国会“忽里台”考》、《元世祖与唐太宗》（1917）、《鞑靼考》（1918）、《元朝斡耳朵考》、《元代之东蒙古》（1920）、《元朝之官制与兵制》（1921）、《元朝牌符考》（1922）等，考证精审，多有创见。其蒙元史著述均收入论文集《蒙古史研究》（1930），至今仍为元史研究者的重要参考书。
