刘因认为六经是理学之根本。他说：“六经自火于秦，传注于汉，疏释于唐，议论于宋，日起而日变，学者亦当知其先后，不以彼之言而变吾之良知也。近世学者往往舍传、疏释，便读（宋）诸儒之议论，盖不知议论之学，自传注、疏释出故先传注而后疏释，疏释而后议论，始终原委，推索究竟”①。他经过“推索究竟”之后，指出理学出自汉唐训诂，训诂又本于六经，故六经为根本。唐代韩愈、李翱，尤其是宋代理学家们，把《论语》、《孟子》、《大学》、《中庸》架于六经之上，视为理学主要经典。他们只就四书矜谈妙语，空谈心性，几与佛道相比。刘因认为《论语》、《孟子》、《大学》、《中庸》四书要返溯六经，这是博与约的关系，不先求六经之博，而先求语、孟之约，是颠倒了关系。“世人往往以语、孟为问学之始，而不知语、孟（乃）圣贤之成终者”，“未说圣贤之详，遽说圣贤之约，不亦背驰乎！”②刘因的返求六经的思想，在当时不失为一种比较清新的思想。刘因还认为六经中的一些经就是历史。认为“古无经史之分，诗、书、礼、春秋皆史也。因圣人删定笔削，立大经大典，即为经也”③。这无异是把儒家一直奉为传世的经典，贬为普通的历史记录，剥落了经典的神圣意义。这些言论，对明代的王阳明“经史无异”、李贽“经史相为表里”，乃至清代章学诚“六经皆史”的观点，是有一定影响的。
还应该特别指出的是，理学成为官学始自元代。早在赵复北传理学之时，忽必烈曾在“潜邸”分别召见过赵复、窦默。忽必烈“问以治道，默首以三纲五常为对。世祖曰：‘人道之端，孰大于此。失此，则无以立于世矣’”（《元史·窦默传》）。许衡等人则以程、朱之书“倡其乡人，学者寝盛”（《元史·许衡传》）。到仁宗时正式制定科举条格，“专立德行明经科。明经内四书五经，以程子、朱晦庵注解为主”①。苏天爵说：“迨仁庙（仁宗）临御，肇兴贡举，网罗俊彦，其程试之法，表章六经。至于《论语》、《大学》、《中庸》、《孟子》，专以朱子之说为主，定为国是，而曲②郑士范：《许鲁斋先生年谱》。
①刘因：《叙学》，《静修集》卷一。
②刘因：《叙学》，《静修集》卷一。
③刘因：《叙学》，《静修集》卷一。
①《通制条格》卷五《学令·科举》。
学异说，悉罢黜之。”②由于把朱熹的《四书集注》定为官本，理学成为官学，势必影响到整个社会的读书、讲学之风，上自帝王贵族，下至儒生庶民，崇儒风气大盛。真金太子、仁宗爱育黎拔力八达、英宗硕德八剌、文宗图帖睦尔、顺帝妥欢贴睦尔都有较深的儒学修养。他们还提倡蒙古、色目贵族子弟研习汉文化。元代少数民族中儒家学者甚多，著名的有党项人高智耀，畏兀儿人廉希宪，康里人不忽木，钦察人泰不华，回回人伯颜师圣、瞻思，汪古人马祖常等。
“异端”思想和无神论思想元代著名“异端”思想家邓牧（1247—1306），字牧心，浙江钱塘（今杭州）人。南宋亡后，他怀着极为悲愤的心情四出漫游，决心不仕，晚年隐居余杭大涤山中的洞霄宫。他自称“三教（儒、佛、道）外人”，以表明不列入任何正宗行列。他的哲学思想在《伯牙琴》中得到了充分表露。
