专门考订魏晋南北朝这段时期的正史的著作有：洪颐煊（1765—1837）：《诸史考异》。十八卷。
郝懿行：《晋宋书故》。计五十一条，多为晋宋书中名物、词语之考订。周一良：《魏晋南北朝史札记》。考订史实、制度、名物、语词等，计三百四十余条。
第二节正史以外的史料方域志《魏略》鱼豢撰。豢仕曹魏为郎中，入晋后殁。本书包括纪志传，共五十卷，南宋以后亡佚。有清张鹏一辑本，绝大部分辑自《三国志》裴注，但辑自《初学记》、《太平御览》等唐宋类书者，如中外官志、礼志各条，皆裴注所无。
《华阳国志》晋常璩撰。常璩字道将，蜀郡江原（今四川崇庆）人，成汉李势时任散骑常侍，并曾居史职。晋穆帝永和三年（347）桓温灭李氏，以璩为参军，随至建康。《华阳国志》是现存最早的地方志，成书约在永和四年（348）至十年（354）之间，共十二卷。第一至四卷《巴志》、《汉中志》、《蜀志》、《南中志》，主要记载梁、益、宁三州的历史地理而以地理为主。第五至九卷为《公孙述刘二牧志》、《刘先主志》、《刘后主志》、《大同志》、《李特雄期寿势志》，以编年体记述地方割据政权以及西晋统一时期历史。第十至十二卷为《先贤士女总赞》、《后贤志》、《序志》并士女目录，记述了汉魏先贤248人（其中妇女51人），梁、益、宁三州士女391人，汉中士女268人。书中关于这一地区政治、经济、民族、地理等方面比较丰富的第一手资料，可以补《三国志》、《晋书》之不足。经过校订整理便于使用的本子，是刘琳的《华阳国志校注》。
《十大国春秋》北魏崔鸿撰，一百卷，宋以后亡佚。明代末叶屠乔孙、项琳撰成百卷，托名崔鸿，万历时（1573—19）刊行。在屠、项之前，何镗（嘉靖廿六年进士）所编《汉魏丛书》中收有十六卷本《十六国春秋》，每国各为一录。余嘉锡《四库提要辨证》认为亦是明人抄撮群书，伪充古籍。《隋书·经籍志》在百卷本《十六国春秋》之后列有《十六国春秋纂录》十卷，盖是百卷本的摘要。其书流传后代，清末汤球以《纂录》为依据，采《晋书》纪传载记及唐宋类书，成《十六国春秋辑补》百卷。可借助于此利用唐宋类书中所引崔鸿书佚文。
《邺中记》晋陆翙撰，《隋书·经籍志》称翙曾任国子助教。书已佚，今本为清代从《永乐大典》及各种类书辑出，共七十四条。主要记石虎时事，如铜爵金凤冰井三台规制、宫室、服饰及各种器物，反映石氏统治时邺都物质生活与经济发展情况，器物名称可以与其他史料相参证。
《水经注》相传东汉或三国时人所著《水经》记一百三十七条河流，极为简略，北魏郦道元（466？—527）作注。郦道元字善长，范阳涿鹿（今河北涿县）人。《水经注》四十卷，记录河流一千二百五十二条，字数约二十倍于原书。注中依水流所经记载有关的山川、都市、祠庙、石刻、战争、人物、歌谣、故事传说等，内容极为丰富。注中引书四百三十余种，碑刻三百余种，多已亡佚，保存了不少南北朝重要史料。道元北人，虽对南方颇抱好感，但从未身历其境，所见南方地理书亦不多，故本书北详而南略，且多疏误。黄河五卷，渭水三卷，而长江亦三卷，叙述至武昌而止。
清代校勘研究《水经注》的学者多家，以全祖望、赵一清、戴震为最著。王先谦（1842—1918）汇合诸家著作成《合校水经注》，使用较为方便。杨守敬撰并由其弟子熊会贞补充完成的《水经注疏》，考证详尽，兼考郦注以后水道之变迁，并对照今地制图，最为有用。工具书有郑德坤编《水经注引得》。
