明帝靠“六军精勇，器甲犀利，以待不习之兵”，经过艰苦的大战，最后战胜子勋和各路放军，取得胜利，杀（时年十一岁）晋安王子勋。安陆王子绥、临海王子顼、邵陵王子元，并赐死。接着，松滋侯子房、永嘉王子仁、始安王子真、淮南王子孟、南平王子产、庐陵王子舆、子趋、子期、东平王子嗣、子悦，并皆赐死。孝武帝二十八子，至此差不多全杀光了。
明帝后期，身体多病，以太子幼弱，深恐他死之后，他的弟弟们将不利于他的太子，于是又拿他的弟弟开刀。泰始十年（471），先从性情刚狠的南徐刺史晋平王休祐开始，命人把他从马上挤下来加以殴拉致死；继又毒死建安王休仁。休仁临死，骂道：“上得天下，谁之力邪？孝武以诛兄弟，子孙灭绝，今复为尔，宋祚其能久乎？”（《资治通鉴》卷一三三）荆州刺史巴陵王休若素胆小谨慎，但这更招明帝之忌，只有桂阳玉休范，以人才凡劣，不为明帝所忌，得保全生命。
明帝疑忌宗室，又疑忌功臣、大臣。吴喜在晋安王子勋起兵时，立了大功。但明帝晚年疑忌他在三吴颇得民心，他对亲信刘励等说，“（喜）泰始初东付，止有三百人，直造三吴，凡再经薄战，而自破冈以东至海十郡，无不清荡。百姓闻吴河东来，便望风自退，若非积取三吴人情，何以得洱伏如此！寻喜心迹，岂可奉守文之主，遭国家可乘之会邪！譬如饵药，当人羸冷，资散石以全身，及热势发动，去坚积以止患。非忘其功，势不获己耳。”（《资治通鉴》卷一三三）因此，功劳卓著的吴喜便不得不死。
泰豫元年（472），明帝病更严重了。时后兄王景文为尚书左仆射、扬州刺史，明帝怕他死之后，皇后临朝，王景文以元舅之尊必为宰相，对儿子不利，便送毒药给他赐死。
明帝死，子苍梧王即位，年十岁。这时，宗室的势力是削弱了，但权臣的势力发展起来。萧道成逐渐掌握政权，杀苍梧王，立顺帝。不两年，萧道成消灭了尚书令袁粲和荆州刺史沈攸之等。串演了一场禅让剧，宋顺帝把皇位让给萧道成。
萧道成杀宗室子孙也是很残酷的。《南史·宋本纪下》记载：“宋之王侯，无少长，皆出死矣。”即皆被萧道成杀了。
萧道成曾告诫他的儿子武帝说：“宋氏若不骨肉相践，他族岂得秉其衰敝。”因此，当南齐武帝时，宗室尚得保全。但到了明帝时候，他就大杀齐高帝（萧道成）和齐武帝（萧赜，道成子）子孙。高帝十九子，武帝二十三子，差不多都被杀绝了。
宋、齐大杀宗室，是因为怕这些宗室起来夺取皇位。事实上，宋齐时期也是有不少宗室起兵争夺皇位，其中有的还是成功的，如宋孝武帝就是由江州起兵夺得皇位。但这些起兵的宗室王侯，多很年幼，如宋晋安王子勋起兵时只有十岁，那有几岁的孩子就能指挥大军起兵反叛。这与他们手下的官佐有很大关系，他们是想因起事而得到更大的富贵。
