二十九年，便发生巫蛊事。文帝宠爱潘淑妃，潘妃生子濬与太子劭一同搞巫蛊。文帝对潘妃说：“太子图富贵，更是一理，虎头（濬小字）复如此，非复思虑所及。汝母子岂可一日无我耶？”（《资治通鉴》卷一二六）巫蛊是刻木人，埋地下，诅咒文帝早死，故文帝有这样的话。
文帝欲废太子劭，赐濬死。潘妃密告太子劭和濬。劭遂起兵入宫杀了文帝，并杀徐湛之、江湛等人。
江州刺史武陵王骏起兵寻阳讨劭。经过一场战争，劭败被杀。武陵王骏即帝位，就是宋孝武帝。
宋孝武帝与同姓王的矛盾孝武帝刘骏是文帝的第三子。他即位时，他的叔父南郡王义宣任都督荆、雍、梁、益、湘、交、广、宁八州诸军事、荆州刺史。义宣“在镇十年，兵强财富”（《宋书·南郡王义宣传》）。孝武帝想调义宣为丞相、录尚书事。义宣不听调动。一些野心家如臧质、鲁爽等恭维他，劝他称帝。义宣遂举兵反。义宣是个庸才。司州刺史鲁秀听他哥哥鲁弘的话跟随义宣反叛，他到江陵去谒见义宣，出来后捶胸后悔说，“吾兄误我，乃与痴人作贼，今年败矣！”（《资治通鉴》卷一二八）。鲁秀说他是痴人，其才能可知。
宋朝廷以沈庆之、薛安都迎战鲁爽，以柳元景、王玄谟迎战义宣。战争的结果，沈庆之败鲁爽，于军斩之。柳元景大败义宣军。义宣兵溃，单舸逃走，不知所措，闭户而泣。臧质败回寻阳，被杀。义宣败回江陵。雍州刺史朱修之入江陵，杀义宣及其子十六人。
孝武帝杀义宣后，更大杀宗室。他在位十年，先后杀了武昌王刘浑、竟陵王刘诞、海陵王刘休茂、南平王刘铄等。
扬州刺史、竟陵王诞“宽而有礼，又诛太子劭、丞相义宣，皆有大功，人心窃向之。诞多聚才力之士，蓄精甲利兵”。孝武帝又怕又忌恨，“不欲诞居中，使出镇京口；犹嫌其近，更徙广陵”。并使心腹大臣刘延孙“镇京口以防之”。竞陵王诞也知道孝武帝畏忌他，也暗作准备，借口魏人入侵，修整广陵城池，积聚粮草兵器以自固。
有人告刘诞欲反。孝武帝命以始兴公沈庆之为车骑大将军、南兖州刺史，将兵讨诞，围广陵。城破，杀诞，诞母、妻皆自杀。广陵城中士民，无大小悉命杀之。沈庆之请免五尺以下死，其余男口皆死，女子以为军赏，犹杀三千余口。
孝武帝听到广陵已破，诞死，高兴极了。他出宣阳门，命左右皆呼万岁。侍中蔡兴宗陪侍，独不呼万岁。孝武问他：“卿何独不呼？”蔡兴宗说：“陛下今日正应涕泣行诛，岂得皆称万岁！”（《资治通鉴》卷一二九）
孝武帝的儿子前废帝子业，是一个更为残忍的人。他自率羽林兵讨杀他的叔祖太宰、江夏王义恭，并杀其四子。杀大臣柳元景并其八子、六弟及诸侄，又杀大臣颜师伯并其六子。又遣使诛杀江夏王义恭的世子湘州刺史伯禽。对大臣说打就打，如对待奴隶。又杀新安王子鸾，杀其母弟南海王子师及其母妹。又要杀徐州刺史义阳王昶，昶逃奔北魏。又杀会稽太守孔灵符、宁朔将军何迈，杀三朝元老大臣沈庆之和领军将军王玄谟。
湘东王或、建安王休仁、山阳王休佑，都是前废帝的父辈。前废帝把他们皆聚之建康，拘于殿内，任意折磨。
前废帝作恶多端，朝臣惴惴不安，左右也都终日战栗，各有异志，中外骚然。最后，宫省内外结合把他杀掉。湘东王彧即帝位，是为明帝。前废帝于公元464年五月即位，465年十月被杀，在位一年有半。
宋、齐宗室的灾难宋、齐宗室，特别是皇帝的近亲有资格继承帝位的人，往往被在位的皇帝及其拥护者视为潜在的威胁，成为猜忌的对象，以至成为斩除的对象。这在宋明帝和南齐明帝时特别显得突出，这时的宗室很难免于身亡家破的灾难。
宋明帝初即位，江州刺史、晋安王子勋起兵反对。荆州刺史临海王子顼，起兵响应子勋。徐州刺史薛安都、冀州刺史崔道固以及许多地方郡守都起兵响应子勋。“朝廷所保，唯丹杨、淮南等数郡，其间诸县或应子勋。”（《资治通鉴》卷一三一）
