魏晋之际，司马氏为了夺权，对党于曹氏的反对派，采取了残酷的镇压手段。这就使得玄学阵营出现分化。依附司马氏的一派（他们之中也有并非真心依附，只是在恐怖面前不得不低头），一面谈玄一面不离名教。如王衍，就一面谈玄，一面欣赏桓修的老庄和圣教“将无同”的答案。山涛“性好老庄”，是所谓竹林七贤之一，他曾上疏晋武帝，劝他对百姓“崇风尚教以敦之”（《晋书·山涛传》）。所谓“尚教”，自然是儒家名教。党于曹氏的一派，他们不愿意与司马氏合作，但又怕有杀头的危险。于是他们一方面向司马氏低头，一方面又旷达放诞，不务世事。阮籍和向秀就是例子。据《晋书·阮籍传》称：阮籍“本有济世志，属魏晋之际，天下多故，名士少有全者，籍由是不与世事，遂酣饮卧为常。”嵇康被杀后，向秀应本郡计入洛阳。司马昭问他：“闻有箕山之志，何以在此？”向秀回答说：“以为巢许狷介之士，未达尧心，岂足多慕。”（《晋书·向秀传》）
对于魏晋玄学之盛，也不能过于夸大，好像魏晋时期只有玄学。应该看到的是：玄学只是洛阳之学，而且只是洛阳第一流世族之学。洛阳城外无玄学，洛阳第一流世族之外，无玄学。洛阳以外，仍有儒家的传统地位。洛阳以外的士子，仍是读儒家传习的经书。
永嘉乱后，一部分洛阳世族渡江而东，装在他们头脑里的玄学思想也随之东渡了。《晋书·卫瓘传》附孙《卫玠传》记载：“（玠）好言玄理玠以天下大乱，欲移母南行母泣涕从之。至江夏遂进豫章。是时，大将军王敦镇豫章，长史谢鲲，先雅重玠，相见欣然，言论弥日。敦谓鲲曰：昔王辅嗣（王弼）吐金声于中朝，此子复玉振于江表。微言之绪，绝而复续。不意永嘉之末，复闻正始之音，何平叔（何晏）若在，当复绝倒。”卫玠，可以说是稍后于阮籍等人的玄学代表人物，他也从洛阳来到江东。东晋初年掌权的人物，如王敦、王导、庾亮，都是玄学中或受玄学影响的人物。
东晋一朝，玄风是相当盛的。王、谢等世族子弟，虽然大多没有哲学头脑，不能谈玄说理，阐述老庄，他们的生活情调却是正始遗风。梁朝时期，玄学似又一度小盛。《颜氏家训·勉学篇》称：“何晏、王弼，祖述玄宗，递相夸尚，景附草靡洎于梁世，兹凤复阐，《老》、《庄》、《周易》，总谓三玄。”
儒学传统地位的继续关于魏晋时期地方上仍尚儒学，可从《晋书·儒林传》的人物大多是地方上的人得到启示，也可以此作为一种证明。
《晋书·儒林传》中的人物，都是地方上的人。他们来自：吴郡钱塘、巴郡临江、东海襄贲、会稽余姚、济南东平、济北卢县、高密淳于、上党、雁门、庐江潜县、弘农、东莞姑幕、鲁国、陈留、京兆、乐陵等地。他们教授生徒，有的有数千人；有著述，往往都是潜心儒术，家世好学。他们传经授业，在地方上都是很有影响的。范宣家于豫章，范宁为豫章太守。“江州人士，并好经学，化二范之风也。”这些儒家，除少数为地方著姓，多数是“家贫”，能“安贫乐道、“潜心著述”。《晋书·儒林传》，反映了地方上儒学之盛，是儒学的天下。
洛阳以外，地方人士要读书，都是读儒学经典的。在十六国的君主中，如刘渊的儿子刘聪、石勒、荷坚等及北魏的孝文帝，都是重视儒学的。在本卷有关章节中都有所反映。
五德终始思想在十六国时期又大盛起来。十六国的君主都信奉这一套，定服色，定德性，信灾异样瑞之说。石勒以赵承金（晋为金德），为水德，旗帜尚黑，牲牡尚玄。发生日蚀，石勒就避正殿三日，令群臣公卿各上封事（《晋书·石勒载记》）。前燕慕容携，也以自己为水德，承金之后，旗帜尚黑，牲牡尚玄（《晋书·慕容载记》）。后秦姚苌，自谓是以火德承秦氏木行（《晋书·姚苌载记》）。姚兴以日月薄蚀，灾青屡见，降号称王，下书令群公卿士将牧守宰各降一等（《晋书·姚兴载记》）。
