帝于十六年，又颁敕谕，加封玉林为大觉普济禅师；谕中有云：“用是特降褒纶，赐号大觉；方欲久留瓶钵，时听伽音；冀朝夕之启予，庶默成夫元旨；而禅师欲全子道，祈尽孝思；坚请还山，勉襄石塔；有裨人伦，克端风化；朕俯徇其愿，敕护遄归；惜山川之既遥，倏夏秋之已隔；永言遗韵，惓惓于怀；追惟对御之言，实发大乘之秘；传灯可续，末法所希；爰是复降温纶，加封大觉普济禅师；赐以紫衣，并予金印；遣使赍往，昭朕眷衷；重扬法席之辉，永镇山门之宝。”盖帝于十五年，初封玉林为大觉禅师；至是；复加封大觉普济；至雍正《御选语录》中，则称大觉普济能仁国师；是盖玉林十七年入京传戒时所加封者也。
至十七年庚子之秋；顺治帝复召之入都；敕谕中有云：“兹欲于都城建立皇坛，俾衲子一千五百人众，受毗尼戒；七条一缕，出自上方；五戒三皈，重宣佛义；然非禅师亲为羯磨，正恐以最上慈航，为人天阶级耳；惟冀荷担如来，阐明大法；不辞远道，惠然肯来；则皇城四众，重闻薝卜之香；新学缁流，顿长菩提之树；知禅师以佛法大事为先，不以静退小节萦念也；遥瞻浮渡，速慰悠怀。”是为玉林第二次入京之因缘；帝就见于西苑丈室；相视而笑，日穷玄奥；帝见一矮戒子，指问林；林云：“长者长法身，短者短法身。”帝喜谢。十八年，帝崩。玉林拈香云：“报身如梦幻，世界若空华；唯过量大人，去来无碍，进退如意；此是皇上用不尽的。”此可见玉林受顺治帝眷遇之隆；第二次入京，为时亦较久；宜乎圆修派与圆悟派之竞传都门，并辔连镳，一时称盛也。
玉林晚年，居天目山；计其生平，开堂说法四十年。康熙十四年乙卯秋，示寂于淮安慈云庵。先是：玉林闻宜兴善权寺，被土人焚毁，其法嗣白松自投火死；乐安老人（幻有禅师之师，玉林之祖。）祖塔亦被掘。乃尽屏参侍，不食粒米；孑身潜出，渡江而北，至清江浦，止慈云庵。示微疾。唯饮冷水。索笔书曰：“本是无生，今亦无死；此是正说，余为魔说。”掷笔而逝。春秋六十有二。门人迎归全身，建塔于西天目。有《语录》行世。
禅宗盛行于江南者，当时为天童圆悟门下之三峰派；此派即邓尉法藏；法藏开法席于海虞三峰，掩百日不语死关，闻折竹声，忽然大彻；颇嫌无师自悟，乃往谒天童，一见相契，命为首座。厥后以见解与师不同，为圆悟所斥。然其门下人材众多。故世人盛称三峰；弟子之最著名者；一曰灵隐弘礼禅师；一曰灵岩弘储禅师；皆于清代顺治康熙年间，大阐宗风；门徒繁多，遍布江南；弘礼门下，有愿云显禅师，住洪州云居；灵隐之道，乃风行江右；弘储门下，有原直赋禅师，住南岳福严；楚奕豫禅师，住潭州云盖；灵岩之道，乃大行江汉；时称南岳，云盖，为甘露双垂。
具德弘礼，会稽张氏子。幼耽玄术，长慕空宗；投普陀剃发。旋游讲肆，闻三峰开法安隐，趋见之；力参本来面目，豁然了彻；机用横出，丛林中有铁策之称；三峰举为维那，纲纪一众。未几辞去。及闻三峰掩关邓尉，亟归省觐，受最后之嘱。礼住持凡十刹，行化三十年；住扬州天宁时，江淮之间，道法大振；而于灵隐最久；故灵隐百废具举，法席冠天下；功成不居，晚年退归径山。会扬州天宁，再请开法；欣然前往；既至，衲子云拥，师应机说法，倍于常时；甫经七日，命阖山设供；是夕，剧谈过夜半方寝；五鼓起，易新衣履；疾呼侍者曰：“快随我上方去。”侍者亟至，而礼已逝。时康熙六年丁未之冬也。寿六十有八。
