张荫桓本来是不折不扣的“康党”人物，但是，政变后却戴上了“非康党”的帽子；而已经开缺在籍的翁同龢，却在政变发生两个月后，被拉入“康党”，遭到革职编管的严厉处分。张、翁的境遇如此不同，原因并不简单，其背后呈现的是各种政治势力角逐的复杂局势，其中也有外交原因。
八月初六日政变发生后，慈禧下旨捉拿康有为、康广仁兄弟。当时步军统领崇礼怀疑张荫桓素与康往还，或有匿藏情事，便派官弁先到东华门外锡拉胡同张氏府宅四处搜求，以至人们误以为要抄张荫桓家。[132]惊恐之下，张氏急忙焚毁与康交往的证据，乃至涂改、毁弃日记。[133]初七日，慈禧获悉袁世凯告密的消息，气急败坏，密旨搜拿军机四卿和其他与康有关的官员。初八日清晨，张被邀至提督衙门受到监视。次日与徐致靖、杨锐、谭嗣同等九人同时被革职，拿交刑部。[134]当时被捕者无不与康有为之案有关。
可是，十一日清廷却突然发布上谕称：“张荫桓虽屡经被人参奏，声名甚劣，惟尚非康有为之党，著刑部暂行看管，听候谕旨。”[135]该谕以“非康党”为由，将张从康案中剔出，另案处理，这其中大有蹊跷。原来，这是英、日驻华外交官听说要处死张荫桓的消息后，向清廷提出抗议和交涉的结果。
英国公使窦纳乐在八月初十日午后得到消息说，张荫桓将于当晚或翌日凌晨被处死，立即致函日本驻华公使林权助，希望他尽快设法营救。当时退职的日本前首相伊藤博文正在北京游历，林权助与伊藤商议后，深夜赶往贤良寺李鸿章的住所拜访，声称如果张氏被杀，会引起“列国干涉”，并说这是伊藤的担心，希望李援手相救。林权助建议李鸿章写信给荣禄，以确保次日一早军机大臣见起时把这个信息传达给慈禧太后。[136]同时，窦纳乐又致函李鸿章，指出“西方各国认为这种突然的处刑带有恐怖的色彩，同时匆忙秘密地处决像张荫桓这样在西方各国很闻名的高级官员，将引起很坏的结果”。[137]英、日采取一致行动营救张氏，与其甲午后对外交涉中的亲英、亲日倾向是有关的。虽然李鸿章在甲午后的外交决策中与张时有矛盾，但是，为顾及邦交，仍不计前嫌，致函荣禄劝说慈禧将张从轻发落。[138]军机大臣中还有人以张氏曾反对康充任伊藤访华的迎送使以及反对派康到日本坐探变法的例证，为张讲情。[139]慈禧显然接受了荣禄等人的建议。当时，也只有将张从康案中剥离出来，才能与谭嗣同、杨锐等其他“新党”人物区别办理。可见，张“非康党”的上谕实为清廷受到外交压力后的一种表态，是一种迫不得已的抉择，然局外人并不知此内情。
八月十三日，国子监司业贻谷上折抗辩说：“张荫桓与康有为往来最密，通国皆知。康有为时宿其家，无异家人父子，数月以来种种悖迹，张荫桓实与康有为同恶相济。”[140]他坚定地认为张就是“康党”分子，要求将其严惩，这显然是针对张“非康党”的谕旨而发的。十四日，清廷公布谭嗣同等“谋围颐和园，劫制皇太后”，“陷害朕躬”的“罪状”；同时发布上谕，将张荫桓发配新疆，罪名是“居心巧诈，行踪诡秘，趋炎附势，反复无常”。[141]张荫桓的门人以为，这十六个字的罪名“空无所指，殆如‘莫须有’三字狱，不足服天下后世”，[142]其中大有袒护乃师的意思。但是，对清廷而言，欲将张排除在康案之外，舍此空洞的罪名也别无善法。
