戊戌政变后，在清廷对翁同龢的处理问题上，荣禄与刚毅的态度也是有差别的。这种差别也可间接说明他们二人在翁同龢开缺过程中所起作用并不相同。
政变发生后，在刚毅操纵下，十月二十一日清廷颁布明发上谕，指责翁氏授读以来不称职，使皇帝未明经史大义；甲午时利用独对之利“信口侈陈，任意怂恿”，致使“主战误国”。更重要的是翁氏“今春力陈变法，密保康有为”，“更是罪无可逭”。[34]这道谕旨正是由刚毅撰拟的。据张謇当时听到的消息，翁氏之案系“刚毅、许应骙承太后意旨，周内翁尚书于康、梁狱，故重有革职永不叙用，交地方县官编管之谕旨”。[35]刘坤一也在致友人书中说：“康有为案中诖误，内则有翁中堂，外则陈右帅（宝箴），是皆四海九州所共尊为山斗，倚为柱石者，何以贤愚杂糅至此？若力保康有为以至波及，闻翁中堂造膝陈词，亦是抑扬之语。”[36]张、刘二人对所谓翁氏荐康的说法不以为然，认为是别人乘机借康案倾陷翁氏。对此，陈夔龙回忆说：“迨八月政变，康梁获罪，刚相时在枢府，首先奏言翁同龢曾经面保康有为，谓其才胜臣百倍，此而不严惩，何以服牵连获咎诸臣？维时上怒不测，幸荣文忠造膝婉陈，谓康梁如此横决，恐非翁同龢所能逆料。同龢世受国恩，两朝师傅，乞援议贵之典，罪疑惟轻。上恻然，仅传旨交地方官严加管束。”[37]充分的材料和研究表明，翁氏革职事件是刚毅利用康有为在海外散布“翁同龢荐康”说造成的氛围，乘机陷害翁同龢的结果。[38]刚毅不仅极力打击翁氏本人，就连与翁关系密切的军机大臣钱应溥、廖寿恒等人也屡受排挤，迫使二人先后退出了军机处。[39]
光绪二十六年庚子（1900年）夏，慈禧在端王载漪等人怂恿下，不顾部分朝臣的反对，别有用心地“招抚”义和团，对外宣战。他们打着“御侮”的旗号利用义和团朴素的反帝热情，派兵围攻外国使馆，焚烧教堂，很大程度上助长了团民中极端仇洋和盲目排外的偏**绪。这项决策中，军机大臣刚毅与大学士徐桐等沆瀣一气，依仗慈禧的信任，排挤包括荣禄、奕劻在内的稍明外事之员，为所欲为，致使局势失控。载漪、徐桐等人更是趁乱罗织罪名，杀戮政敌以泄私愤。七月，吏部左侍郎许景澄、太常寺卿袁昶、兵部尚书徐用仪、内阁学士联元、户部尚书立山等大臣，均因反对围攻使馆和对外开战，而被以“汉奸”、“通敌”的罪名遭到杀害。同时，慈禧又下诏处死了戊戌政变后被发配新疆的张荫桓。立山、联元等人死后，载漪、刚毅诸人“犹不慊，将以次尽杀异议诸臣”，长期办理外交的总理衙门大臣廖寿恒、王文韶均几罹不测，幸荣禄从中力保始免。[40]
八月，八国联军攻入北京后，慈禧与光绪帝出京逃亡西安。据时人记述，慈禧抵达西安后，对甲午战争后主持朝政的翁同龢深恶痛绝，以为时局一败涂地，皆源于甲午朝臣主战之误，彼辈难辞其咎，萌生杀翁泄愤之心。对此，严复致张元济信函中就曾提到荣禄极力劝阻的情形。该函称：
荣仲华前用骑墙政策，卒以次保其首领。然平心而论，瑕者自瑕，瑜者自瑜。其前者之调停骨肉，使不为己甚，固无论已；即如老西，既到长安，即欲以待张南海者待翁常熟，荣垂涕而言不可。既至今年正月初六，老西之念又动，荣又力求，西云：直便宜却此獠；此虽出于为己，然朝廷实受大益，可谓忠于所事矣。[41]
该函时间系辛丑年除夕前。信中的“老西”指慈禧，“张南海”指张荫桓。透过这段来自京城士人的传闻，可以看到荣禄调停骨肉（两宫），维护旧僚，确是当时满员中比较开明且有大局意识的人物。即使在政局异常动**的庚子时期，也很难单纯从满汉关系的角度来解释一些政治现象，荣禄保翁即是一例。
