太平天国建都后，仅派孤军北伐，小刀会占领上海后也未派兵策应，而是将重点放在天京上游。湘鄂赣皖四省遂成为血战玄黄的主战场。曾、胡、左三人合力苦撑战局，做到这一点颇为不易。
清政府内部存在不少矛盾，除满汉芥蒂外，还包括中央与地方，官僚与士绅，八旗与绿营，以及八旗、绿营与湘军的矛盾。在空前危机逼迫下，清政府上下不得不调整内部关系。咸丰帝在战争初期相继任用林则徐、李星沅、周天爵、徐广缙、陆建瀛、向荣等汉人大吏为钦差大臣，以及曾国藩重用满族军官塔齐布，胡林翼笼络湖广总督官文，胡林翼、左宗棠大量起用士绅，均说明了这一点。但矛盾不可能就此消弭，有时还会发酵。
湘军自募人马、就地筹饷，几乎等同于曾国藩的私家军。这成为清廷一大心病，何况曾国藩是汉人。咸丰四年（1854年）秋湘军克复武昌，咸丰帝大喜，表示“不意曾国藩一书生，乃能建此奇功”。某军机大臣提醒说：“曾国藩以侍郎在籍，犹匹夫耳。匹夫居闾里，一呼蹶起，从之者万余人，恐非国家福也。”[18]咸丰帝默然变色，遂收回任命曾国藩署理湖北巡抚的成命，改授兵部侍郎，擢胡林翼署理鄂抚。胡林翼原本依附湘军征战，资历与战功均逊于曾国藩。咸丰帝借胡抑曾，欲分而治之，避免曾国藩坐大；另大力扶持江北大营、江南大营，以确保经制兵的优势，让湘军充当配角。而满族权贵官文以钦差大臣、湖广总督身份坐镇武昌，明显带有就近挟制胡林翼等汉臣的用意。
曾国藩、胡林翼没有纠缠于意气之争。曾年长胡一岁，致函时均称对方“润之宫保老前辈大人阁下”，以示敬重。江西激战正酣时，曾见湖北战局危殆，仍拨兵救援胡。两人联手攻克安庆后，曾推胡为首功，奏称“其谋始于胡林翼一人画图决策”，“前后布置规模、谋剿援贼，皆胡林翼所定”。胡林翼则投桃报李，悉心扶植湘军。曾国藩以侍郎虚衔在江西带兵征战，动辄受制于人，心境郁悒，咸丰七年（1857年）借丁忧之名返湘守制。他上书说，江西军事“添臣一人未必有益，少臣一人不见其损”，“以臣细察今日局势，非位任巡抚有察吏之权者，决不能以治军；纵能治军，决不能兼及筹饷。臣处客寄虚悬之位，又无圆通济变之才，恐终不免于贻误大局”，欲以退为进，谋巡抚一职。咸丰帝不为所动，将曾国藩晾了一年。驻赣湘军号令不灵，几成一盘散沙。胡林翼再三为曾国藩陈情。经他苦心抚驭，驻鄂湘军没有陷入纷乱。因战局吃紧，清廷于咸丰八年（1858年）五月起复曾国藩，派他赴江西督率旧部，头衔为“办理军务、前任兵部侍郎”，依旧有名无实。咸丰十年（1860年）夏，僧格林沁的满蒙骑兵正在北方抵御英法联军，江南大营继江北大营之后溃败解体，苏浙大震，危如累卵。咸丰帝别无选择，只好加曾国藩兵部尚书衔，署理两江总督，不久改为实授，并指派其为钦差大臣，督办江南军务，节制大江南北水陆各军。曾国藩从戎七年，苦熬七年，终于被委以大任，得以放开手脚实施“四省合防，以剿为堵”战略。
