曾国藩镇压反清力量心狠手辣，声称“书生好杀，时势使然耳”，为此在民间落得“曾剃头”恶名。同时，他注意笼络民心，重视整肃军纪。绿营兵勇**掳掠现象较普遍，故时人有“兵不畏官而畏贼，民不畏贼而畏兵”一说。咸丰四年（1854年）初出征前，曾国藩特意叮嘱塔齐布严行约束部下，“若有一勇不规矩、不严肃，吾即不愿带去”[9]。驻赣湘军在曾氏返湘丁忧期间军纪败坏，民怨四起。以此为鉴，曾国藩严申“带兵之道，以禁止骚扰为第一义”，“兵勇以不扰民为第一义”。咸丰八年（1858年），他专门写有一首浅显通俗的《爱民歌》，讲明注意事项，如规定扎营时“莫走人家取门板，莫拆民房搬砖石，莫踹禾苗坏田产，莫打民间鸭和鸡，莫借民间锅和碗”之类；强调“军士与民如一家，千记不可欺负他。日日熟唱爱民歌，天和地和又人和”。
尽管如此，湘军依旧无法摆脱日渐萎靡的趋势，内部矛盾加剧，军纪败坏，暮气日深，营中结拜哥老会现象迅速滋蔓，以致曾国藩时有哗溃之虞。其机要幕僚赵烈文记述了曾国荃部湘军攻破天京后的暴行：一是四面放火。城中建筑，“兵所焚十之七，烟起数十道屯结空中，不散如大山，紫绛色”。二是洗劫财物。悍将萧孚泗“在伪天王府取出金银不赀，即纵火烧屋以灭迹”，大火延烧数日不熄。各弁勇“贪掠夺，颇乱伍”，在城中大挖窖藏甚至掘坟搜金；营中文职也“无大无小争购贼物，各贮一箱，终日交相夸示不为厌”。三是**杀戮。全城沦为人间地狱，“搜曳妇女，哀号之声不忍闻”，“沿街死尸十之九皆老者，其幼孩未满二三岁者亦斫戮以为戏，匍匐道上。妇女四十岁以下者一人俱无，老者无不负伤，或十余刀、数十刀，哀号之声达于四远”。连赵烈文也认为“其乱如此，可为发指”。[10]曾国荃纵兵洗劫天京城，从中所获不菲，以致物议沸腾。而曾国藩却辩解说：“吾弟所获无几，而‘老饕’之名遍天下，亦太冤矣。”[11]在这件事情上，曾国藩选择亲情，抛弃了忠义。
李鸿章部淮军的表现也在伯仲之间。据赵烈文记述，淮军克复苏南后，“自常以东及松郡道路，剽掠无虚日，杀人夺财，视为应然”[12]。
