关于洪秀全评价的分歧和争议，主要体现在对洪秀全思想与行为的不同解读上。可供研究的文献资料是相同的，历史真相也仅有一种，而人们得出的结论却颇有出入，甚至大相径庭。究其原因，主要是该研究与现实政治联系较紧，受社会思潮影响较大。新民主主义革命是中国共产党领导的、以农民为主体力量的新式革命，中华人民共和国成立后，追溯太平天国、讴歌农民革命成为顺理成章之事，以论证中国革命的渊源和正义性。太平天国研究因而成为一门显学，受到空前重视，取得骄人成绩，但也出现偏差，在运用唯物史观时存在简单化、教条化倾向，有意为尊者讳，一味拔高对洪秀全和太平天国的评价。1964年，戚本禹等人以揪“叛徒”、彰“气节”名义大批忠王李秀成，则使研究陷入混乱，主要表现为将学术问题与政治问题画等号，影射史学泛滥成灾，给历史人物贴政治标签成为人物研究风行的模式。进入改革开放新时期后，史学界努力肃清极左思潮的影响，做了大量正本清源的工作。到20世纪90年代，相继推出一大批有分量的总结性研究成果。不过，随着研究难度加大，以及学者研究兴趣的转移，太平天国研究逐渐从繁盛趋于冷落。由于起步早（至今已持续近一个世纪）、起点高（已有论著堪称汗牛充栋），从事该研究的门槛越来越高，对初学者更是如此——仅必读的最基本史料和代表性研究论著就达几千万字，同时还必须搞清楚太平天国的典章制度。这不免让人望而却步。现今依然坚守这一领域的学者已是凤毛麟角，且后继乏人，研究队伍青黄不接。虽断续有新著问世，但总体上难挽颓势。与专业研究队伍急剧萎缩形成对比的是，以及2000年夏大型电视连续剧《太平天国》的播出，使得社会上对这段历史的关注度骤然增加。不过，电视剧《太平天国》“戏说”的成分太多。社会各界人士撰文、写书谈太平天国，以评论居多，某些观点不无见地，但多数作者缺乏研究积累，对史实、史学史缺乏了解，往往仅读几本史料就下很大的结论，流于对洪秀全的口诛笔伐。这反映了人们对过去有些论著一味美化、偏袒洪秀全的抵触心理，但明显矫枉过正。受历史虚无主义、民粹主义等思潮的影响，更有人借历史这杯陈酒来浇胸中块垒。一时间，全盘否定洪秀全、替曾国藩翻案的观点被炒得沸沸扬扬。某些所谓的新观点实际上是陈词旧说的翻版，如“农民战争破坏论”，上帝教是“邪教”，太平军与湘军之战是“农民打农民”之类。这对研究丝毫起不到推动作用，反而把水搅浑了。
从严格意义上讲，很难说洪秀全已达到思想家的高度。但在旧时代的农民领袖中，洪秀全无疑是最有思想的一位。他是读书人出身，起义立国后仍勤于著述，其思想直接影响了太平天国的历史进程和命运。随后发生的许多重大事件，包括上海的兴起、洋务运动、辛亥革命，都与太平天国有着千丝万缕的联系。因此，研究中国近代思想史，不能绕开洪秀全。争议越大，越要加强研究。
譬如，太平天国以宗教起家，又以宗教立国，其核心信条是独尊上帝。洪秀全用上帝信仰整肃军纪、激励士气、维系人心，这是否纯属有意识的“欺骗性”宣传，还是他本人确实带有信仰成分？丁酉年（1837年）升天异梦对他的心理有何影响？洪秀全从西方基督教搬来上帝，但却颠覆了基督教的基本信条，并糅合了儒家学说和中国民间宗教等因素，带有鲜明的形而下色彩，倡导打江山、创新朝，有自成体系、别具一格的宗教仪式和经典。太平军既是军事组织，又兼有宗教团体性质，平素通过读天书、讲道理来普及教义，每七日举行礼拜仪式，凡新兵入伍须举行洗礼仪式。有论者认为太平天国宗教是基督教的一个分支，显然与史实不符。需要思考的是：洪秀全的这种改造及创新有何成败得失？与太平天国的兴亡究竟有什么关联？
