总的来说，太平天国初期对南京的管理较为有序有效，就连来访的西方人对此也加以赞许。葛必达神父便感叹，这种体制“竟能使这么多人的衣食得到正常供应，而且这是在内战当中、在面临城外清军大营围攻的情况下做到的”[33]。美国传教士裨治文（）评述说：“他们通常称作‘圣城’的新都才是秩序和纪律达到尽善尽美的地方。……一切不合规章和违法之事，都会立即受到斥责或处罚，这在中国人中间极为罕见。所有人都无一例外地有其指定住处和被指派的适当工作，一切都在有条不紊地进行。”[34]
不过，太平天国此前仅在永安、武昌驻留过较长时间，在战时管理南京这样偌大的城市明显经验不足，挑战很大，人口问题便是一例。人口多了，会加大粮食供应压力；人口少了，又带来人手、人气不足的问题。南京原先有八九十万人，城破前已迁徙不少，城破后自杀者又占了相当比例。除在满城遭激烈抵抗进而屠城外，太平军主要搜杀清军和贪官污吏，基本上没有殃及百姓。据目击者陈述，太平军破城之日，“口称安民，并不抢劫，叫人不许外出窥伺”，并附注解释说：“破城后并不举动民间，至十五日各家搜素人口，防藏兵丁。……民间物件秋毫不动，内中若有人抢夺，即行枭首。”[35]嗣后南京人口一直处于流动状态，人口总数时有变化，包括军队的调进调出，出于各种原因死亡者，外逃者，外地（如上游数省及下游扬州等地）民人随军队迁入者，但两相抵消，南京人口总体上呈递减趋势。据载，1853夏，全城（包括内外城）男馆为10.44万人，女馆为14.09万人，合计24.53万人；同年冬，男馆约7.6万人，女馆约13.04万人，合计20.64万人；到次年夏，男馆约4.2万人，女馆约11.43万人，合计15.63万人。[36]大体每半年递减四五万人。民心不稳，出逃人数多于从外地补充入城的人数，是造成这种现象的主要原因。以甲寅四年为例，“贼粮不足，于闰七月二十七日赶女人八九万出城，至乡圩割稻，借此逃脱者数万……城中男馆于闰七月亦不发米，悉使出城割稻自食，人多逃散”[37]。
天京事变使人口进一步减少，先是导致两万多将士丧生，后来翼王石达开负气出走又带走不少精锐。这场内讧的影响是全局性的，使太平天国元气大伤，旧的领导中枢宣告解体，军事上日趋被动。1860年太平军二破江南大营、开辟苏福省，使南京转危为安并获得大量物资补充。但后期主政的干王洪仁玕缺乏杨秀清那样的威望和铁腕，甚至一度被排挤出城，领导中枢涣散无力。1862年春，湘军兵临南京城下。太平军苦战两年多，始终无法将之击退。这种颓势从南京自身的演变可略窥一斑。
仍以人口为例。太平军在苏南战场的胜利使南京人口得到一定补充，其中不少是被强娶或掳来的年轻女子，但人口总数与过去已不可同日而语。后期（主要集中在1861年）来访的西方人均感到南京人口很少，其中英国军官吴士礼（）中校推测男多于女，约为2∶1；英国翻译富礼赐（）、美国商人赫德（）均估计全城人口约为7万人。人口锐减，但由于商业停顿和两极分化加剧，圣库制度形同虚设，缺粮问题并未缓解；及至湘军围城，粮道逐渐被切断，则陷入断粮危机。为应对粮荒，洪秀全率先食野草团，号召军民仿效。忠王李秀成体恤下情，特意放大批民人出城逃生。其实城中一些王府仍藏有大量粮食，但各怀私念，不愿充饷。据忠王讲，城破前夕，城内不过三万人，除居民外，太平军仅万余人，能守城者三四千人。[38]已是强弩之末。
