以上不少举措带有鲜明的战时体制特征。太平军进占南京未几，清廷便调兵遣将，在钟山南麓孝陵卫一带组建江南大营，与北岸扬州郊外的江北大营遥相呼应，形成围攻、钳制之势。此后战局虽屡有起伏，但清廷调重兵克复南京的思路一直没有改变。为应对这一严峻局面，太平天国起始就推行战时体制，全城始终处于戒严状态，除取消家庭、对居民按性别实行军事编制外，还逐月登记、清点人口，凡进出城须持印凭，稽查甚严，以防范清方奸细。初期随法国使团来访的葛必达（）神父便指出，“南京与其说是一座城市，还不如说是一座军营”[27]。这势必有别于和平环境下的城市治理，遑论城市建设。
南京原先店铺林立，百货云屯，工商辐辏。太平天国在克城前颁布过一份安民告示，敦告“士农工商各力其业”，但仅具有宣传意味。定都后刊布的《天朝田亩制度》明确宣布“天下人人不受私，物物归上主”，加之全城实施戒严，私营工商活动遂遭取缔。为满足军需等供应，太平天国在南京用军事编制（馆）组织民人进行生产劳动，分兵器、火药、建筑、食品、日用品、服饰、印刷等大类。据涤浮道人《金陵杂记》，其具体细目有59种之多，统称“衙”，如典织衙、豆腐衙等；因规模、人数不等，又有“营”“馆”之别，大者如典织衙又称“织营”，小者如豆腐衙又称“豆腐馆”。该制度发挥了重要作用，“使被胁百工技艺各有所归，各效其职役，凡军中所需咄嗟立办”[28]。全城军民日常生活必需品由圣库按是否为官、官衔大小等标准分别定额供应，即圣库制度。
上述两种经济方面的战时体制能否维持下去，关键取决于物资特别是粮食能否得到及时补充。南京城内的大部分面积是耕地，早期随本国使团来访的英国费熙邦舰长、法国葛必达神父、美国克陛存（）牧师均谈到这一细节。太平天国官方在阐释建都南京的优势时，描述该城“街衢广阔，田园丰美”[29]，分别谈到市区与耕作区。时人笔记也有相关记载。王永年起初在男馆中干杂役，在编入北伐部队后潜藏在外城下关豆腐巷老人馆内，“天将明，饱食后，散伏大麦、蚕豆丛中”[30]。正因为南京有大面积农田，太平天国特意设立典农官和豆腐馆，派人种菜、磨豆腐。有一则记载说：“贼见菜地，争贴封皮，即据为己有，使人种菜，亦不打仗，故匿于菜园者亦数千人。”[31]不过，由于耕地以菜园为主，加上城内人口庞大，所以粮食根本无法自给。为缓解物资紧张问题，太平天国在1854年间采取变通方法，派人出城采购，在城内北门桥设肆，有米、油、茶点、海味、杂货、玉玩、绸缎、布匹各店，转卖各馆；店铺本钱由圣库支拨，属官营性质，称天朝某店，严禁私卖；另准许老人馆开茶肆。因物价腾贵，且管理难度大，这些店铺不数月均关歇。南京完全失去原先作为商贸中心的功能。
在取消商业和清军围城的背景下，南京粮食等物资供应主要依赖上游接济，经江面由仪凤门运进城，带有很大不确定性。一旦战事吃紧，南京便闹粮荒。据载，城内起初储粮充裕，“发粮无数，来取者即与之。既有名数可稽，始议每日发米数，男馆如泥水木匠一斤半，各伪衙一斤四两，各匠一斤，牌尾半斤；女馆湖南以前每名一斤，湖北以前每名六两”。1854年夏，因上游米谷不继，“乃改议发米数，男子牌面每日每名发米半斤，牌尾四两；女子每日每名湖南以前发米六两，湖北以下发米三两。均以稻代，悉令人食粥”[32]。
