万历皇帝梓宫的左侧，放置着他的原配孝端皇后王氏的棺椁，其大小形状和右侧孝靖皇后的棺椁相同，保存较好。尽管椁的外侧出现裂缝，但无塌陷。从已脱漆的木质看，亦为香楠木制成。
椁的盖部放置着两个形体不同的青花梅瓶，白地青花，周绘龙纹，色彩与质地犹如宫廷中摆置的梅瓶一样光艳夺目。两个梅瓶的底款分别是“大明万历年制”和“大明嘉靖年制”。由此推断，这是孝端皇后生前宫中的陈列品。
这种形式的梅瓶，在1951年北京西郊董四墓村明代贵妃墓的发掘中也有出土。明朝的妃嫔，除极少数受皇帝的宠爱被埋在十三陵内，多数都埋在此处。梅瓶作为殉葬品，可能是当时宫廷丧葬的习俗。
发掘人员撬开木椁，一口木棺露了出来。棺外有椁，意在以椁护棺，从而更有效地保护尸体。从国内外出土的帝王陵墓来看，棺椁质料不同，层数也有较大差异。在埃及图坦卡蒙法老陵墓的发掘中，就曾发现有石椁和用两层黄金制作的棺。而中国晚期朝代的帝王，则大多采用两层木质棺椁的形式。这从定陵和清东陵帝后的墓葬中可得到证实。
在孝端棺木的两侧，放置着四块玉料。这种玉料在帝后三人的棺椁外侧已发现二十七块，到清理结束发现，唯独孝端的梓宫内又增放四块。玉料大小形态不一，大部分都有文字。有的用墨笔直接写在玉料上，有的贴着有墨笔字的纸，也有的两者兼备。写在纸条上的文字大都工整清晰，写在玉料上的笔锋粗糙，字体粗大，且不清楚，少数还有编号，都是记录玉料的名称、重量：
玉料十三斤
菜玉一块重十三斤
六十八玉料十五斤
六十八
菜玉料一块重十五斤十二两
七十二号
浆水玉料一块重十
浆水玉料一块重十一斤
二斤八两
浆水玉料一块重二斤八两
…………
根据文字记录，最小的一块一斤十两，最大的一块四十八斤。有一块写明十三斤，发掘人员试称则是十六斤半，不知是当初的失误，还是明代度量衡与今天的差异，或者玉料本身发生了变化。其中一块玉料似有一条锯过的缺口，大概是当初用绳索之类的东西捆勒而成。在另一块玉料上，还特别标明“验收人”三字。
孝端皇后随葬器物箱中出土的玉佩
中国历代帝王的殉葬品中，大多放有玉料，即所谓的“金井玉葬”。“金井”是为了接地气，保证灵魂长生不灭，“玉葬”则是为了保证尸体不腐烂变质。据《汉书·杨王孙传》称“口含玉石，欲化不得，郁为枯腊”。
玉料殉葬自战国时期开始有了新的变化。在河南洛阳的考古发掘中，曾清理过一批战国时期的墓葬，发现有些死者的面部有一组像人脸形的石片，身上也有石片，脚下还有两件兽形石片。这些石片上都有穿孔，可能是为了编缀在一起以便覆盖在死者的面部和身上，这就是后来出土的玉衣的雏形。
到西汉时期，帝王对玉料护体更深信不疑。他们不再满足于用玉料殉葬，而是把玉片制成衣服，套在尸体之上，一同入葬，以期尸体永世长存。这种观念在东汉时期达到了极致。河北满城汉墓出土的刘胜、窦绾夫妇的金缕玉衣，为此提供了证据，同时也打破了《汉书》记载的“口含玉石，欲化不得，郁为枯腊”的神话。尽管刘胜和窦绾除身穿金缕玉衣外，还在胸部和背部放置了许多玉璧，且口有玉含，鼻有玉塞，两眼有玉石掩盖，两耳有玉填，结果，1968年发掘人员清理他们的墓葬时，却见玉衣尚存，而其中的尸骨朽烂得仅剩几枚残齿和一些骨渣。
以玉衣作为葬服，从西汉一直延续到东汉末年，到三国后期，魏文帝曹丕认为，此乃“愚俗作为”而下令禁止使用。从考古发掘的情况看，也确未发现魏晋以后的玉衣，由此推断，这种习俗可能从魏以后真的被废除了。
