有太监在一旁回答：“这个海瑞根本无逃跑之意，听说他连棺材都做好了，还安排了后事。同时把他的老仆人也打发回家，免得受到牵连。”
嘉靖一听，愤怒中不免吃了一惊。他又拾起疏文看了一遍，觉得海瑞说得似乎有些道理，但那尖刻的笔锋和语言让他感到极为气愤。嘉靖迟疑很久，然后和首辅徐阶商量。徐阶替海瑞说了一些好话。嘉靖思前想后，没有找到一个合适的处理海瑞的办法，只好把疏文留中不发。
嘉靖四十五年（1566年）二月底，嘉靖皇帝终于一病不起。他感到胸腹坠闷，肠胃疼痛，再也不敢吞服金丹，而不得不请太医来诊治。病中的皇帝想起海瑞的疏文，还气愤难平，下令锦衣卫把他逮捕，押到东厂禁锢。海瑞在监狱一住就是十个月。
一天，狱中忽然设酒相待。海瑞以为自己死期已至，这是生前最后一餐，便对狱卒说：“这一天终于到了。”说完，神色不变，同往常一样地吃喝起来。提牢主事走到海瑞跟前，悄悄告诉他：“皇帝业已升天，并留有遗诏。”说着把从宫中抄来的皇帝遗诏递给海瑞。只见上面写道：
朕奉宗庙四十五年，享国长久，累朝无有，一念惓惓，惟敬天勤民是务。只缘多病，过求长生，遂至奸人诳惑。自今建言得罪诸臣，存者召用，殁者恤录，现在监者即释复原职。特此遗谕！
海瑞看完遗诏，双膝跪下，伏地大哭，伤心得呕吐不止，最后倒地昏迷不醒了。
60岁的嘉靖皇帝终于命归西天，葬入十三陵中的永陵。他的儿子朱载垕继位，是为隆庆皇帝。
隆庆帝按照先皇的遗诏，一一做了处理，海瑞也回到了户部。至于海瑞的官职问题，却是一件令人头痛的事。内阁大学士和吏部尚书再三思量，决定把他调出户部，加升为尚宝司丞，即管理皇帝大印的尚宝司的主官，官为正五品。由于他的一贯廉洁、忠心和刚正不阿的品格，上任不久就遭到一些同僚的反对。在这种情形下，吏部又将他调至大理寺担任寺丞。而海瑞的意见往往跟上司相左，很快又受到臣僚的仇视。在万般无奈中，吏部决定干脆将他闲置起来，但官职却是显赫的南京通政司通政使，官阶也由五品升为正三品。
之所以说他被闲置起来，是因为此时留守南京的官员大多无事可干，无职可尽。通政司的职责，也只是把南方各省的奏章看后，再封好转往北京的通政司，由北京通政司转交皇帝。海瑞自然而然地被架空了。可怜这位三品朝廷命官，落了个英雄无用武之地。
海瑞当然不会安于现状，愤然向皇帝陈请：自己才疏学浅，连这个只管转送文件而无行政责任的差使都没做好，打算辞职为民。
这种“陈请”的方式果然奏效。当年夏天，即隆庆三年（1569年）他就被任命为南直隶巡抚，驻节巡抚衙门设在苏州。这南直隶共辖十府，其地明显地分为富贵与贫贱两大类，贫富悬殊，难以治理，许多朝廷大员都曾在此地栽过跟头。而任命他的内阁大学士张居正和吏部，也正是利用这只难缠的“刺猬”，在政治上置他于死地。
但对决策人的用心，海瑞没有察觉，即使察觉，也不会回头。海瑞最恨贪污，一上任便发出布告，严禁贪污，打击豪强，属下的地方官有贪污行为的，吓得胆战心惊，罪恶较大的自动提出辞职。有的大户本来用朱红油漆大门，听说海瑞巡抚来了，吓得把显眼的朱红大门改漆成黑色。管织造的太监，一向坐八抬大轿，这时也吓得改乘二人小轿了。
大地主们知道海瑞一贯主张限田，人人自危，坐卧不安。海瑞在江南做巡抚的短短八个月中，主要做了两件大事。一件是“除弊”，一件是“兴利”。
