关于这部作品，一个似是而非的说法就是：这部天主教弥撒最初创作的两部分，在路德教礼拜中同样可以使用。1733年奉献给波兰国王的就只包括这两部分（哀悼奥古斯特一世的《垂怜经》、庆贺奥古斯特二世继位的《荣耀颂》），恰好是路德派保留的弥撒曲结构。但早在两百年前，路德及其门徒、神学大师梅兰希顿就认定：包括弥撒在内的圣事，必须以母语取代拉丁语。在路德正统派大本营的萨克逊（甚至整个新教世界），使用罗马教会官方语拉丁语进行圣事，可能性极低。即使最初两部分的《B小调弥撒曲》也是罗马的—巴赫在人生最后十多年，在疾病缠身、完全失明的情况下，竭尽心力要使这部作品合乎天主教规格。秘密在于，严格拉丁形式下，有一颗炽热的日耳曼灵魂。
这部作品不同于历史上任何弥撒曲之处，就在于其强烈的新教信仰和路德主义。将这部跨17年之久的文献熔铸成一块精钢的，是路德主义。在罗马天主教的弥撒形式中的宗教改革精神，就像两百年前在路德和巴赫故乡埃森纳赫的伟大运动一样，白炽火蓝，势如破竹。
从1740年开始，巴赫再次对《B小调弥撒》进行基于早期作品的再创作：第三部分《圣哉经》创作日期在1724年左右，巴赫刚到莱比锡任职。《尼西亚信经》第二部分与“和散那”、《降福经》、《羔羊经》混和式的第四部分，来自巴赫不同时期的德语宗教康塔塔。巴赫专家弗雷德里希·西蒙认为，《B小调弥撒》是包含四个独立作品的“综合体”。但这是巴赫式综合体，各部分神学思想高度统一、音乐技术焊接无隙，每一部分都在B小调和D大调上展开，和声统一。“我们向您感恩”动机在作品最后“赐我们以和平”再现，构建出一个音乐大厦。作品的一体性还体现于不同乐段间的主题关联性、各乐段间强烈对比，声音器乐化、器乐声乐化互相推动。这部恢宏作品包括了巴赫全部作曲技巧和神学思考，当时所有乐器都各展其长。精致的帕萨卡里亚舞曲、复杂的对位法、意大利协奏曲、拿波里爱情重唱等，艺术性的咏叹调和华丽庄严的管弦乐，配置均衡，不仅将不同乐段连接成为一个统一、丰富、协和的整体，堪称献给宗教改革先导马丁·路德的最高礼赞，完美实践了马丁·路德“音乐即神学”思想。
路德对巴赫影响至深。这种影响的决定性，首先来自于路德的音乐实践而不是说教。在掀翻大一统中世纪教会的改革中，路德以迄今无人能比的德语感受力，创作了《上主是我坚固堡垒》等圣诗并亲自谱曲。自路德以来，德国各地设立教堂合唱队的制度，世代延续，形成德国尤其是德国中部、北部特有的音乐传统，对德国复调合唱、康塔塔和管风琴音乐发展有重大作用。图林根地区是路德的故乡和宗教改革核心地区。这里，中世纪天主教会、德意志神秘主义、宗教改革、斯拉夫文化、反宗教改革的巴洛克精神你中有我、我中有你。路德那种发自内心的信仰和顽强的斗争性，成为巴赫安身立命的生存基础。
巴赫是路德音乐教育思想的完美产物。路德认为，音乐有着精神作用和教育作用，新教地区的学校都应该开设音乐课，每个孩子（包括贫民的孩子）都应接受正规的音乐教育；不懂音乐的人不配为人师表；音乐教育应该成为道德教育的重要组成部分。
