（一）关于方以智的学术成就
《四库提要》很推崇《通雅》，其曰：“明之中叶以博洽著者称杨慎，而陈耀文起而与争，然慎好伪说以售欺，耀文好蔓引以求胜。次则焦竑亦喜考证，而习与李贽游，动辄牵缀佛书，伤于芜杂。然以智崛起崇祯中，考据精核，迥出其上。风气既开，国初顾炎武、阎若璩、朱彝尊等沿波而起，始一扫悬揣之空谈。”梁启超称“密之之学风，确与明季之空疏武断相反，而为清代考证学开其先河，则无可疑”，“《通雅》这一部书，总算近代声音训诂学第一流作品。清代学者除高邮王氏父子以外，像没有哪位赶得上他”[1]。当今学者余英时、张永堂、罗炽等教授认为方以智“藏理学于经学”与顾炎武提出的“经学即理学”具有相同的时代意义，他们两人不约而同地为清季儒学的发展规则出一个崭新的方向。[2]
对方以智学术成就评价最高的要算侯外庐先生，早在一九五七年，侯外庐就以《方以智——中国的百科全书派大哲学家》为题，对方以智思想进行了较全面的研究，认为“他的哲学和王船山的哲学是同时代的大旗，是中国十七世纪时代精神的重要的侧面”。后来，此文收入侯外庐主编的《中国思想通史》（第四卷下），但对以前的结论略有修正，认为由于历史的原因，“方以智的思想还没有条件借以走上法国‘百科全书’派的典型途径”，但仍坚持方以智是“东林——复社人物在理论上的总结者”。在1962年出版的《东西均》序言中，侯外庐重申了方以智是时代“大旗”的论断。然冒怀辛等认为“1962年中华书局版《东西均》序言中对方以智估价过高，值得研讨”[3]。唐明邦先生多重方以智的自然科学成就与会通西学的方法，认为方以智在自然科学方面可以与同时代的李时珍、徐光启、宋应星、徐宏祖并举[4]。庞朴、郭齐勇等教授则将方以智与顾、黄、王并列，认为他们同为明末清初的佼佼者。
（二）关于方以智的学术归宗
当时，方以智身边的亲人好友对他的学术宗旨就有诸多不同的看法，时至今日，更是仁者见仁、智者见智，无法形成统一的认识。
“三教归《易》”是方以智语，其子方中通亦云：“老父穷尽一切，而一微之于河洛。”[5]然而，王夫之并不认可方以智及其子之说，他说：“密翁与其公子为‘质测’之学，诚学思兼致之实功，盖格物者即物以穷理，惟‘质测’为得之。若邵康节、蔡西山则立一理以穷物，非格物也。”[6]侯先生于《方以智——中国的百科全书派大哲学家》一文再三称引，认为方以智“杰出的理论并不是明白如画地联结成一个环链，而是通过他的烹炮古代语言的隐晦形式，特别是《易经》的象数学的形式，而断续地透露出来的。……他所究明的伏羲、黄帝、周公、孔子的圣训，显然是一种托古改制式的东西，甚至他所称颂的《易传》思想和邵雍的象数思想，不但和他的思想不一样，而且毋宁说是相违异，这已经被王夫之指出”。冒怀辛先生亦认为“方以智的理论是以邵雍为标榜，披上《河图》、《洛书》的外衣的”[7]。
今之学者，如罗炽教授、蒋国保教授、周勤勤教授、刘贻群博士和周锋利博士等多本方以智之本意，认为其立学宗旨在“三教归《易》”。然而，认为“归儒”的学者也不少，如台湾学者张永堂认为明末学者“提出三教合一的主张，一方面批判三教末流之偏弊，一方面发扬三教的原始精神，最后再把三教会归于儒，以达到重建儒学的目的，方以智就是这一类学者中最杰出的代表者”[8]。张学智教授亦认为方以智是“以儒家为主统合三教的主张”。余英时先生又稍有不同，他在《方以智晚节考》“晚年思想管窥”一节中肯定方以智“三教合一”与“未脱儒家之面目”的思想特征，而慎言其余。
