由于突破了制种低产关，杂交水稻开始在全国大面积推广。此后，杂交水稻的推广就可以用一帆风顺来形容了。但袁隆平知道，中国现行杂交水稻制种技术是劳力密集型技术，整个制种过程需靠大量人力操作，这样也就间接地提高了制种成本。因此，怎样把众多的劳力从烦琐的制种工作中解放出来，怎样降低杂交水稻的制种成本，提高农民主动自愿制种的积极性，仍然是袁隆平等水稻育种专家们急切关心的问题。他明白，只有制种成本降低之后，种子的售价才能降低；种子的售价降低了，也就减轻了农民的种地成本，等于提高了农民的实际收入。
1986年10月，在长沙举办的世界首届杂交水稻国际学术研讨会上，袁隆平提出了杂交水稻育种发展方向的战略性思路：从三系法至两系法再到一系法，程序由繁到简，效率由低到高；杂种优势由品种间到亚种间，再到物种间，最后到属间，优势将越来越强。由于袁隆平提出的方案具有非常重大的经济意义，1987年国家将两系法杂交水稻育种研究列入国家高技术研究发展计划（863计划）攻关项目。
到1996年，两系法的繁殖、制种和栽培技术也已成熟配套，开始大面积推广。随后，长江流域双季稻区两系法杂交早稻研究又获突破，育成了一批优质、高产、早中熟的两系早籼组合，为提高长江流域早籼稻品质和产量提供了有力的技术支撑，并于1998年开始大面积示范种植。到2000年全国累计推广面积达5000万亩，10年累计推广达1.2亿亩，累计增加产值110亿元。
两系法研究是一项我国独创的高新技术，是世界作物育种史上的重大革命，它不仅简化了种子生产的程序，降低了种子成本，而且可以自由配组，大大提高了选育优良组合的概率。
在两系杂交水稻育种理论的启发下，两系法杂交高粱、两系法杂交油菜、两系法杂交棉花、两系法杂交小麦相继研究成功。我国农作物育种创造出了新的辉煌。
1997年，袁隆平提出了培育“超级杂交稻”的理念。2002年，由他主持的超级杂交稻育种项目，在湖南龙山县百亩示范片平均亩产达817kg，最高亩产达835.2kg，这标志着超级杂交稻可以在一般生态条件下大面积推广。
2001年7月，袁隆平与香港科学家辛世文合作，通过传统育种技术与基因工程的结合，发展新一代的高产优质杂交水稻。
2001年11月，袁隆平在世界农业科技大会上指出：生物技术可以加速中国的超级稻研究。如果转入玉米的某种基因，超级水稻的单产还会有大幅增长的潜力。与此同时，利用高技术优化米质的工作也全面展开。
图5-3 超级杂交稻
随着我国航天事业的飞速发展，袁隆平的育种思路从稻田拓展到了宇宙太空。他在进行超级稻的实验过程中，积极参与我国尖端的航天育种工程。
超级杂交稻（图5-3）具有穗大、粒多、抗倒、功能叶光合能力强、适应性广等优点，具有广阔的推广前景。通过超级杂交稻大幅度提高水稻产量大有希望。经过估算，如果21世纪推广超级杂交稻2.3亿亩，按平均每亩增加稻谷100～150kg计算，每年可增产粮食230×108～345×108kg，可多养活6000万～8000万人口。
超级杂交稻是21世纪增加我国粮食的重要途径，也是解决未来世界性粮食危机和饥饿问题的有效途径。它对我国国民经济和社会的发展以及世界和平和粮食安全有着重要意义。
