几年后，当他已经成为一位准天文学家时，曾经下令：“从今以后，不懂得新式即西洋天文历算者，不许在钦天监做官，做了官而对此道不熟练者，不许升迁。”（《清朝文献通考》卷二五六）此时，他也完全掌握了欧几里得几何学和阿基米德几何学，他可以在野外，根据星座的位置熟练计算出准确的时间和方位；可以用简单的器具，测量出远处的准确高度与距离。多年以后，他曾经在水利工地上，亲手教他的儿子和水利官员们，如何使用器具测量地形、地势与距离，令众多官员们叹服莫名。
当时，中国最负盛名的数学家名叫梅文鼎，著有数学方面的专门著作，代表了当时中国最高数学成就。老先生曾经预言：这门学问将来会大行于世。康熙通读全书，在上面做了大量圈点批阅，然后，得出结论是，此书没有大毛病，但算法不够完备。在南巡路过梅文鼎家乡时，将梅文鼎请到他的御舟上，连续讨论三天数学问题。最后，很遗憾老先生年纪太大，无法请他出山。一年后，康熙下令把老先生的孙子召到北京大内去研习。年轻人读了皇帝学过的数学著作后，认为康熙的造诣已经达到了极高的水平。（《清史稿》梅文鼎传及文鼎孙谷成传）他成了中国历史上科学素养最高的皇帝。
中国以农为本，从很久远的年代，便将重农轻商、崇本抑末定为立国的基本国策。可能从汉代时开始，每年开春时节，皇帝都要率领百官来到京郊，举行躬耕大典，就是在钟鼓齐鸣中，由皇帝亲自扶犁，耕下春天第一犁，以示对农业的重视和劝勉。到后来，和我国许多形式化的东西一样，大体成为象征性的假模假式。
满族人以渔猎立国，对农耕所知甚少。入关以后，满洲八旗会种庄稼的人很少，圈占的土地主要由汉族农民替他们耕种，偏偏康熙皇帝特别喜欢种庄稼。据他晚年自己说：他自幼时起，就特别喜欢观察农作物的生长，“所得各方五谷菜蔬之种，必种之，以观其收获”。这应该不是夸口。在中南海的丰泽园里，确实有一块皇帝自己耕种的农田。而且，他还亲手选育成功了一个水稻优良品种，为中国农业发展做出过不小的贡献。若在今天，他的这个成果可是能够获得国家科技进步的高级别奖项。
康熙皇帝自己写过一本书，名叫《几暇格物编》，其中谈道：康熙二十八年六月，他在自己的稻田边上散步，发现一株稻十分奇异，不但比别的稻子高，而且应该九月成熟的稻穗，在六月已经接近成熟。他遂将这株稻穗收藏起来，作为种子。第二年，这些种子播下后又在六月成熟。以后，他连年播种，越收越多。于是，康熙将这些种子拿到承德避暑山庄里试种，仍然大获丰收，并可以在白露前收获。据说，康熙每年到承德避暑山庄时吃用的稻米，都是他自己种的，且有富裕。于是，康熙皇帝决定在江南地区试种。
在南京和苏州地区试种的结果是：由于生长期短，加上江南无霜期长，这个品种一举做到了一年两种两收，亩产平均增长五成左右。书上描述说，这种米“色微红而粒长，气香而味腴，以其生自苑田，故名御稻米”。这就是以前在南方地区曾经广泛种植的“御籼稻”、“百日种”优良稻种的来历。此稻后来在江苏、浙江、安徽、江西等地迅速普及，两百多年间一直是当地水稻的当家品种。据说，《红楼梦》中所描写的“御田胭脂米”，就是此物。
在江浙一带巡视时，他发现往来船只上，载着很多猪毛、鸡毛，便询问船家这些东西是干什么用的，船家告诉他，福建地区的水稻田时常引山泉水灌溉，山水寒凉，用这些东西可以使禾苗生长正常且早熟。康熙回到北京后，立即在西山的玉泉山下实验，“果然早熟且丰收”。他还注意到：江浙一带稻田大多使用池塘水灌溉，池水不寒，所以不用这个办法。
