作为一个不到二十岁的青年皇帝，他所面对的确实是一个过于复杂而重大的问题。他可能在很长一段时间里，都在乾清宫中绕殿徘徊，一个人对着那张条幅发呆，犹豫彷徨，不知如何是好。
此时，经过近半个世纪的战乱流离，残破不堪的国家好不容易安定下来，一切的一切都在百废待举。在当时的政治文化条件下，若能像宋太祖赵匡胤一样实现杯酒释兵权，可能是解决三藩问题的最好办法。无奈，皇帝预备这样做，三藩却没有交出兵权、回家安享富贵的觉悟。或者，皇家翻脸无情、政治上翻云覆雨他们见得太多了，没有人敢相信皇帝的诚意。这种情形可能是酿成三藩之乱的部分心理因素。
后来，曾经有学者考证大清朝满汉开国功臣的身后故事，发现除了三藩之外，几乎所有这些功臣的后代基本都生活幸福，许多人家直到辛亥革命前还都在安享荣华富贵。于是，感叹三藩见不及此，结果，给国家带来深重灾难的同时，自己也身败名裂、断子绝孙。言下不胜嗟叹。
据说，洪承畴在平定西南、返回北京之前，吴三桂曾经请教他：怎么做才能保住自己的地位？洪承畴的回答是：“不可使滇一日无事也。”（刘键《庭闻录》卷三，第8页）——只要云南不安宁，他吴三桂的地位就不可动摇。此后，云南大事小事不断，不是土司叛乱，就是边境报警，搞得朝廷一年数惊，真的没人敢轻言撤兵减员了。有记载说，顺治十七年时，大清朝全年的财政收入只有八百七十五万两白银，而当年供应云南一地的官俸军饷就要支出九百多万两。到康熙十年前后，国家财政收入约两千万两左右，三藩的开支仍然居高不下。时人评论说：吴三桂挟边事自重，因为害怕兔死狗烹，为了巩固自己的权位，已经全然不顾国家劳民伤财了。（《庭闻录》卷四，第10页）当时，还有人说：吴三桂有向外省委派官吏的权力，以至于竟有“西选之官几遍天下”一说。（《明清稗史汇编》卷十，四王合传）是否如此，姑且存疑。
但是，不管怎样，到康熙亲政之后，昔日开国之功臣，已变成今日国家之大患。三藩问题肯定令玄烨忍无可忍、寝食难安。而吴三桂，于功成名就之后，全无家国之情怀，为一己之念，不惜将刚刚熬过半个世纪战乱、正在医治战争创伤的大半个中国再一次推入战火，就凭这一点，纵然他有千条万条理由，也够得上是百死不足以蔽其辜了。
康熙十二年三月，七十岁的定南王尚可喜上疏康熙皇帝，请求允许他带领一批年老的部下返回辽东老家海城居住，王爵由长子尚之信承袭，继续镇守广东。康熙接到奏疏大喜，立即命令众臣商量处置办法。最后，决定借机撤藩，同意尚可喜归老辽东，并以父在不能由子承袭为由，命令全部撤回。
这个决定做出后，吴三桂与耿精忠也相继上疏，请求撤回安置。吴三桂的一位谋士建议他，不管别人怎么说，决不要自己提出撤藩，免得授人以柄。据说，吴三桂怒吼道：“我就是说了，皇帝也决不敢真撤，我就是要自己提出撤藩，消除他的怀疑。”他可能真的没有想到，刚刚二十岁的康熙皇帝竟然会断然下令，全部撤藩。皇帝的理由是：“吴三桂蓄谋已久，不早除之，将养痈成患。现在是撤他要反，不撤他也要反，不如先发制人。”随后，正式下达撤藩令。八月二十四日，派专使前往昆明、广东、福建，命令三藩所有官兵及其家属全部北上，同时，要求各有关部门着手解决安置事宜。
